Naeye ottenne pochi risultati nelle corse su strada, con la vittoria in due criterium e i piazzamenti nella Anversa-Gand-Anversa del 1940, dove fu secondo, e nella Omloop van België nel 1944, dove terminò terzo nella prima tappa. La sua attività su pista fu più proficua e, oltre a vincere Sei giorni quali quelle di Parigi e di Monaco, colse numerosi podi in quelle di Gand e Bruxelles. Fu anche terzo nel 1940 nel campionato belga di inseguimento individuale.