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Nella scuola elementare Teitan arriva Ai Haibara, una bambina molto taciturna.

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Viene rapito un giovane ragazzo e Conan, con i Giovani Detective ed Ai, decide di indagare. Conan scopre che forse nel rapimento sono implicati gli uomini dell'organizzazione.

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Gli uomini in nero che hanno rapito il giovane non sono quelli che cerca Shinici. Mentre stanno tornando a casa, Ai rivela a Conan di essere Sherry, l'ex membro dell'organizzazione che ha creato il veleno responsabile del rimpicciolimento di entrambi: l'apotoxin. La ragazza è scappata dal laboratorio nel quale era stata segregata dagli altri membri dell'organizzazione proprio assumendo il veleno ed è stata trovata da Agasa. Il dottore le ha poi chiesto di restare ospite a casa sua. Ai ricorda che uno dei dischetti contenenti le formule del veleno potrebbe non essere caduto nelle mani dell'organizzazione. Conan, Agasa ed Ai decidono di recarsi a casa del professore che potrebbe possedere il dischetto con i dati del veleno ma, una volta arrivati sul posto, lo trovano morto.

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Conan aiuta l'ispettore Sango Yokomizo a risolvere il caso e scopre che la ragazza morta nel caso della rapina alla banca era la sorella di Ai, Akemi. Da qui in poi Ai diventerà compagna di Conan nella ricerca dell'organizzazione e dell'antidoto.

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Conan, Ai ed i Giovani Detective vanno allo stadio a vedere una partita di calcio ma un pazzo riesce a prendere in ostaggio tutte le persone all'interno dello stadio.

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Collaborando con la polizia, Conan riesce a capire dove si trova colui che ha preso in ostaggio tutti gli spettatori dello stadio.

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Sonoko si è iscritta in un forum di appassionati di magia e viene invitata in un raduno con gli iscritti in una casa in montagna e si porta anche Ran. Kogoro e Conan le accompagnano ma durante il ritorno ascoltano alla radio la notizia dell'omicidio di un uomo che Ran e Sonoko devono incontrare: Conan si precipita nella villa poco prima che il ponte crolli a causa di un incendio.

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Conan perde i sensi per lo sforzo e così non può indagare sull'omicidio di un secondo appassionato di magia.

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Nonostante non stia bene, Conan riesce a scoprire il colpevole degli omicidi e inoltre scopre che tra i partecipanti si nasconde anche Kaito Kid.

La parrucchiera di Ayumi viene trovata morta in casa sua ma sulla scena del crimine manca l'arma del delitto.

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Conan, il dottor Agasa, Ai ed i Giovani Detective vanno in campeggio ma dimenticano la tenda a casa. Così sono costretti a chiedere ospitalità in un maniero li vicino, all'interno del quale sembra sia stato nascosto un tesoro di un inestimabile valore.

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Conan e il dottor Agasa spariscono misteriosamente e così tocca ai Giovani Detective, guidati da Ai, ritrovarli.

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Agasa regala ai Giovani Detective dei biglietti per l'ultimo spettacolo che un vecchio cinema trasmette prima di chiudere. Durante la proiezione del film, però, un uomo viene trovato impiccato.

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Il dottor Agasa raggiunge i piccoli così Conan può contare sul suo aiuto per rivelare l'identità del colpevole all'Ispettore Megure

Ayumi è senza voce, perciò è rimasta a casa e non è andata a scuola. Un ladro entra in casa sua approfittando del fatto che la signora Yoshida sia uscita. Ayumi, prima di venire scoperta, riesce a inviare a Conan un messaggio in codice.

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Heiji e Kazuha sono a Tokyo per partecipare alle nozze di un amico di famiglia. Vengono invitati a cena dalla famiglia dello sposo insieme con Kogoro e gli altri, ma il maggiordomo viene trovato morto in una stanza chiusa a chiave.

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Conan ed Heiji hanno scoperto l'identità del colpevole ma non hanno prove: sono allora costretti a tendergli una trappola.

Sonoko spera di vedere una stella cadente, così porta Ran e Conan in un luogo che offre una spettacolare vista del cielo. Purtroppo, invece di una stella, i tre vedono un appassionato di astronomia precipitare da un punto d'osservazione. L'assassino risulta essere un suo collega, il quale invidiava la vittima perché quando era in vita aveva vinto un premio al posto suo.

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Conan, Kogoro e Ran sono in viaggio su un treno, ma qui avviene un omicidio: la cosa strana però è che esso rispecchia stranamente la trama di un romanzo incompiuto del padre di Shinichi: Yusaku Kudo.

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Conan, con l'aiuto di sua madre Yukiko e di suo padre, risolve il caso. Il racconto a cui si rifaceva il delitto era stato rubato al padre di Conan prima di essere terminato.

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Questo è il primo caso che vede protagonisti Takagi e Miwako Sato e inoltre fa la sua prima comparsa nell'anime l'ispettore Ninzaburo Shiratori. I Giovani detective si recano alla stazione di polizia per testimoniare su un caso, ma arriva anche un altro uomo: questi chiama la moglie dal telefono di Takagi e tutti sentono le grida della donna. Sato, Takagi e Conan si recano a casa dell'uomo.

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Sembra che la donna sia stata uccisa da un rapinatore, ma Conan e Sato sono convinti che il colpevole sia il marito. Intanto Takagi teme che Sato sia innamorata di Shiratori.

I Giovani Detective vogliono provare un nuovo tram che viaggia ad alta velocità: ma il mezzo è costretto a fare una brusca fermata ed un passeggero muore battendo la testa.

Durante uno spettacolo di Kaimen Yaiba, un attore mascherato precipita in un lago per un incidente e muore.

Kogoro decide di andare a trovare una sua vecchia studentessa ma, arrivati a casa sua, la sua auto guidata in quel momento dalla sorella, esplode. I sospetti ricadono sul marito dell'allieva di Kogoro.

Il caso viene facilmente risolto ma Kogoro teme che la sua allieva abbia provocato di proposito la morte della sorella.

Su un autobus Ran conosce un anziano signore che le infila di nascosto un dischetto per il pc nella borsetta. In seguito l'uomo sparisce nel nulla.

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Appare per la prima volta Makoto Kyogoku. Sonoko, Ran e Conan si recano in vacanza al mare e conoscono un ragazzo che sembra innamorato di Sonoko. Purtroppo, la ragazza viene aggredita da un maniaco che la vuole uccidere.

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Sonoko ha un altro incidente e Ran e Conan notano un uomo che sembra li stia seguendo.

Kogoro va a trovare un'anziana signora che lo aveva ospitato da giovane. La donna è preoccupata per il nipote che abita nel suo stesso palazzo: poco dopo il giovane viene trovato con le vene tagliate chiuso nel suo appartamento.

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Sato e Takagi stanno inseguendo un criminale. Dopo averlo raggiunto in un palazzo, Sato riesce a bloccare l'uomo ma si ammanetta a lui per errore e i due restano bloccati in un bagno. L'uomo si dichiara innocente e chiede a Takagi e ai Giovani Detective di dimostrare la sua estraneità riguardo all'omicidio di cui è accusato.

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Purtroppo il palazzo dove Sato è imprigionata sta per essere demolito proprio in quella giornata e Takagi ha i minuti contati per risolvere il caso.

Durante un tragitto di metropolitana, una giovane donna viene trovata morta avvelenata ma non si sa come le sia stato somministrato il veleno.

Kogoro, Ran e Conan visitano un bellissimo tempio posto su un'altura ma conoscono anche un uomo che vuole demolirlo per costruire un centro commerciale. La notte, l'imprenditore viene trovato impiccato ad una trave del tempio.

L'ispettore Yokomizo pensa si tratti di omicidio ma Kogoro riesce a convincerlo che l'uomo si sia suicidato: tocca a Conan stabilire quale sia la verità.

Kogoro, Ran e Conan cenano in uno strano ristorante dove le portate vengono servite tramite barchette che viaggiano sull'acqua. In una delle sale del locale avviene un omicidio.

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Durante un viaggio in aereo Ran sogna il viaggio che ha fatto con Shinichi per arrivare a New York. Durante il viaggio, un uomo era stato ucciso nel bagno e Shinichi aveva iniziato ad indagare.

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Shinichi riesce a risolvere il suo primo caso. Ran si risveglia di soprassalto accusando il ragazzo di essere un maniaco.

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Agasa organizza una caccia al tesoro per i Giovani Detective in un palazzo appartenente ai suoi zii. Ma in alcuni oggetti nella casa i piccoli trovano delle strane figure.

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Conan scopre che qualcuno è recentemente entrato nella casa e capisce che quei codici nascondono un vero tesoro.

Conan va in campagna con un gruppo di bambini e un adulto: uno dopo l'altro i ragazzini cominciano a sparire finché non rimane solo Mitsuhiko Tsuburaya.

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Sia Kogoro che Heiji ricevono l'invito di una famiglia residente in campagna nella cui abitazione sono avvenuti due suicidi. Ma la sera, il padrone di casa viene trovato impiccato nello stesso magazzino dei precedenti, stavolta attocigliato da un groviglio di fili che sembrono ragnatele.

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La morte sembra richiamare un'antica leggenda della zona. Intanto anche Kazuha viene aggredita e aggrovigliata tra i fili.

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Kazuha si salva e Conan ed Heiji cercano di svelare il mistero.

Durante uno spettacolo acquatico, una nuotatrice muore annegata a causa del malfunzionamento di una macchina.

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Conan, Kogoro e Ran fanno la conoscenza del dottor Tomoaki Araide. Tuttavia durante una cena a casa sua, il padre di Araide nonché medico di Kogoro, muore nella vasca da bagno.

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Conan risolve il caso ma decide di svelare i fatti solamente alla persona che ha progettato l'assassinio poiché l'esecutore materiale, ovvero una cameriera piuttosto maldestra, ha provocato la morte del proprio datore di lavoro in modo assolutamente inconsapevole. La giovane ragazza sarebbe rimasta sconvolta se avesse scoperto di essere stata lei ad uccidere l'uomo.

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Ran, Conan e Sonoko decidono di andare a pattinare al palazzetto del ghiaccio e qui conoscono un gruppo di ragazzi. Durante i fuochi d'artificio una ragazza del gruppo viene uccisa nei bagni.

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La vittima è riuscita a lasciare un messaggio prima di morire che potrebbe svelare il nome dell'assassino.