L'U 25 partecipò a cinque missioni, tra l'ottobre del 1939 e l'agosto del 1940, affondando sette navi da trasporto e una nave scorta, il mercantile armato inglese HMS Scotstoun.

Tra aprile e maggio del 1940, l'unità venne impiegata nel Mare del Nord e presso le coste centro-occidentali della Norvegia nell'ambito dell'Operazione Weserübung. Al 1º agosto di quell'anno risale l'ultima posizione nota dell'U-Boot che di seguito venne dichiarato disperso.

La ricostruzione più accreditata è che sia affondato, assieme a tutto l'equipaggio, in alto mare a nord della città olandese di Terschelling, approssimativamente alle coordinate 54°14'N e 5°7'W, per la collisione con una mina navale. Rimangono non chiarite, tuttavia, le dinamiche dell'affondamento e se la collisione sia avvenuta con una propria mina (l'unità doveva effettuare un'operazione di dispiegamento di mine antinave) o attraversando un campo minato che era stato steso in quella zona dai cacciatorpediniere inglesi il 3 agosto.

L'U 26 partecipò a sette missioni, tra la fine di agosto del 1939 e il giugno del 1940, affondando in tutto undici navi e danneggiandone due. Nell'ultima missione attaccò il convoglio alleato OA-175 affondando, nello stesso giorno, tre navi da trasporto (Frangoula B Goulandris, Merkur e Belmoira) e danneggiandone una (il cargo inglese Zarian).

Intercettato, dopo l'attacco, da due navi nemiche, lo sloop da guerra HMS Rochester e la corvetta HMS Gladiolus, venne colpito da quest'ultima con delle cariche di profondità. Il sommergibile tedesco, impossibilitato a mantenere l'immersione a causa dei danni subiti, fu costretto ad emergere per essere nuovamente bombardato da una squadriglia di Short S.25 Sunderland della RAF.

Oramai condannato, l'U 26 venne abbandonato e affondò il 1º luglio 1940 al largo delle coste sud-occidentali dell'Irlanda alle coordinate 48°03'N e 11°30'W. L'intero equipaggio (48 uomini) fu tratto in salvo e preso prigioniero dalla HMS Rochester.