Nasce in una famiglia di quattro fratelli (uno di essi, Johnny Araya, è il bassista dei Thine Eyes Bleed) e due sorelle. Intorno al 1966 la famiglia emigra in California. Araya inizia a suonare il basso all'età di otto anni e col fratello Johnny alla chitarra impara le canzoni dei Rolling Stones e dei Beatles.

Dopo il diploma frequenta un corso di fisioterapia, non trascurando comunque il basso. Poco dopo forma i Quits, dove conosce il chitarrista Kerry King. Il gruppo, tuttavia, non avrà lunga vita: nel 1981 Tom fonda gli Slayer insieme a King e dà così inizio ad una lunga scalata verso il successo.

Lo stesso argomento in dettaglio: Slayer.

Nel 1981 Araya viene contattato dallo stesso King per formare gli Slayer, nel quale avrà il ruolo di cantante e bassista. Gli Slayer sono considerati come uno dei gruppi thrash metal più influenti di quegli anni. Il primo album del gruppo, Show No Mercy, fu finanziato dallo stesso Araya e dal padre di King.

Araya è anche autore dei testi e nel corso degli anni ha più volte citato storie di noti serial killer; ad esempio, la canzone 213 tratta il caso di Jeffrey Dahmer, Dead Skin Mask quello di Ed Gein.

Nel 2002 Araya partecipò all'album tributo Rise Above: 24 Black Flag Songs to Benefit the West Memphis Three interpretando il brano Revenge.

Lo stesso argomento in dettaglio: Discografia degli Slayer.

• 1983 – Show No Mercy
• 1985 – Hell Awaits
• 1986 – Reign in Blood
• 1988 – South of Heaven
• 1990 – Seasons in the Abyss
• 1994 – Divine Intervention
• 1998 – Diabolus in Musica
• 2001 – God Hates Us All
• 2006 – Christ Illusion
• 2009 – World Painted Blood
• 2015 – Repentless

• 1992 – Alice in Chains – Iron Gland (da Dirt)
• 2000 – Soulfly – Terrorist (da Primitive)
• 2016 – E.B.D.B. – Bootlegged in Roeselare - Live at De Verlichte Geest