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Col termine stazione di San Giovanni ci si può riferire ai seguenti scali ferroviari o metropolitani:
- Stazione di San Giovanni – sulla linea Ozieri Chilivani-Porto Torres Marittima
- Stazione di San Giovanni – sulla linea Reggio Emilia-Guastalla
- Stazione di San Giovanni – sulla linea A della metropolitana di Roma
- Stazione di San Giovanni – sulla linea Sassari-Alghero
- Stazione di San Giovanni al Natisone – sulla linea Udine-Trieste
- Stazione di San Giovanni a Teduccio – sulle linee Napoli-Poggiomarino e Napoli-Sarno
- Stazione di San Giovanni d'Asso – sulla linea Asciano-Monte Antico
- Stazione di San Giovanni di Casarsa – sulla linea Casarsa-Portogruaro
- Stazione di San Giovanni in Croce – sulla linea Brescia-Parma
- Stazione di San Giovanni in Persiceto – sulla linea Verona-Bologna
- Stazione di San Giovanni Suergiu – sulle linee delle Ferrovie Meridionali Sarde
- Stazione di San Giovanni Valdarno – sulla linea Firenze-Roma