Le 13 squadre arrivate dal primo turno vengono sorteggiate con le migliori 27 in modo da avere venti scontri diretti.
Le 20 vincenti avanzano al terzo turno.
Nella prima urna vengono inserite le squadre occupanti le posizioni del ranking 1-13, nella seconda le squadre occupanti le posizioni del ranking 14-20, nella terza le squadre occupanti le posizioni del ranking 21-27 mentre nella quarta le squadre vincitrici del primo round.
Urna 1
Urna 2
Urna 3
Urna 4
Karima 11 novembre 2015, ore UTC Sudan 0 – 1 referto Zambia Karima Stadium
Bujumbura 12 novembre 2015, ore UTC Burundi 2 – 3 referto RD del Congo Stade Prince Louis Rwagasore
Windhoek 12 novembre 2015, ore UTC Namibia 0 – 1 referto Guinea Sam Nujoma Stadium
Cotonou 12 novembre 2015, ore UTC Benin 2 – 1 referto Burkina Faso Stade de l'Amitie
Lomé 12 novembre 2015, ore UTC Togo 0 – 1 referto Uganda Stade de Kégué
Antananarivo 13 novembre 2015, ore UTC Madagascar 2 – 2 referto Senegal Stade Municipal de Mahamasina
Mitsamiouli 13 novembre 2015, ore UTC Comore 0 – 0 referto Ghana Stade Said Mohamed Cheikh
Nairobi 13 novembre 2015, ore UTC Kenya 1 – 0 referto Capo Verde Nyayo National Stadium
Sfax 13 novembre 2015, ore UTC Libia 1 – 0 referto Ruanda Stade Olympique
Benguela 13 novembre 2015, ore UTC Angola 1 – 3 referto Sudafrica Estadio Nacional de Ombaka
Niamey 13 novembre 2015, ore UTC Niger 0 – 3 referto Camerun Stade Géneral Seyni Kountché
Monrovia 13 novembre 2015, ore UTC Liberia 0 – 1 referto Costa d'Avorio Antoinette Tubman Stadium
Lobamba 13 novembre 2015, ore UTC eSwatini 0 – 0 referto Nigeria Somhlolo National Stadium
Nouakchott 13 novembre 2015, ore UTC Mauritania 1 – 2 referto Tunisia Stade Olympique
Dar Es Salaam 14 novembre 2015, ore UTC Tanzania 2 – 2 referto Algeria Benjamin Mkapa National Stadium
Francistown 14 novembre 2015, ore UTC Botswana 2 – 1 referto Mali Francistown Stadium
N'Djamena 14 novembre 2015, ore UTC Ciad 1 – 0 referto Egitto Stade Omnisports Idriss Mahamat Oduya
Kampala 15 novembre 2015, ore UTC Uganda 3 – 0 referto Togo Mandela National Stadium
Ndola 15 novembre 2015, ore UTC Zambia 2 – 0 referto Sudan Levy Mwanawasa Stadium
Kinshasa 15 novembre 2015, ore UTC RD del Congo 2 – 2 referto Burundi Stade des Martyrs
Bata 15 novembre 2015, ore UTC Guinea Equatoriale 1 – 0 referto Marocco Estadio de Bata
Casablanca 15 novembre 2015, ore UTC Guinea 2 – 0 referto Namibia Stade Mohamed V
Kigali 17 novembre 2015, ore UTC Ruanda 1 – 3 referto Libia Stade Régional Nyamirambo
Yaounde 17 novembre 2015, ore UTC Camerun 0 – 0 referto Niger Stade Ahmadou Ahidjo
Brazzaville 17 novembre 2015, ore UTC Rep. del Congo 2 – 1 referto Etiopia Stade Alphonse Massemba-Débat
Port Harcourt 17 novembre 2015, ore UTC Nigeria 2 – 0 referto eSwatini Adokiye Amiesimaka Stadium
Kumasi 17 novembre 2015, ore UTC Ghana 2 – 0 referto Comore Baba Yara Stadium
Alessandria d'Egitto 17 novembre 2015, ore UTC Egitto 4 – 0 referto Ciad Borg El Arab Stadium
Radès 17 novembre 2015, ore UTC Tunisia 2 – 1 referto Mauritania Stade Olympique de Radès
Durban 17 novembre 2015, ore UTC Sudafrica 1 – 0 referto Angola Moses Mabhida Stadium
Abidjan 17 novembre 2015, ore UTC Costa d'Avorio 3 – 0 referto Liberia Stade Félix Houphouët-Boigny
Ouagadougou 17 novembre 2015, ore UTC Burkina Faso 2 – 0 referto Benin Stade 4 de Août
Blida 17 novembre 2015, ore UTC Algeria 7 – 0 referto Tanzania Stade Mustapha Tchaker
Praia 17 novembre 2015, ore UTC Capo Verde 2 – 0 referto Kenya Estádio Nacional de Cabo Verde
Dakar 17 novembre 2015, ore UTC Senegal 3 – 0 referto Madagascar Stade Léopold Sédar Senghor
Bamako 17 novembre 2015, ore UTC Mali 2 – 0 referto Botswana Stade du 26 Mars