La Prva hrvatska nogometna liga 1998-1999, conosciuta anche come 1. HNL 1998-1999, è stata l'ottava edizione della massima serie del campionato di calcio croato, disputata tra il 9 agosto 1998 e il 26 maggio 1999, e conclusa con la vittoria del Croazia Zagabria, al suo quinto titolo (nono in totale).
L'ultima giornata del campionato fu funestata dalle polemiche riguardo alla rete annullata all'88º minuto al giocatore del RijekaAdmir Hasančić per un fuorigioco inesistente[1] da parte dell'arbitro Alojzije Šupraha (su segnalazione del guardalinee Zoran Krečak) facendo così infuriare uno Stadio Cantrida stracolmo (22000 spettatori). Il titolo andò così, per il quarto anno consecutivo, al Croazia Zagabria che festeggiò in uno Stadio Maksimir semivuoto (2000 spettatori). Forti i sospetti - certezze per i Fiumani - che i vertici della federazione abbiano cercato di far vincere i capitolini: "Pobijedio je najkatoličkiji klub u državi" (Ha vinto il club più cattolico del paese) fu il commento ricorrente in seguito all'esclamazione di Franjo Tuđman "Dio c'è!"[2]. Tre anni dopo, nel 2002, verranno scoperti i documenti che riveleranno che Tuđman (nel frattempo deceduto) ed i servizi segreti avevano fatto pressioni sulla terna arbitrale e pagato 200 000 marchi tedeschi al Osijek (avversario del Rijeka all'ultima giornata di campionato) oltre che una promessa di favori arbitrali nella finale di coppa di Croazia che si sarebbe disputata pochi giorni dopo[3].
La formula era uguale a quella della stagione precedente: le 12 squadre disputarono una prima fase con un girone di andata e ritorno per un totale di 22 partite.
Venne successivamente giocato un girone di play-off con le prime sei per determinare la vincente e le qualificate alle coppe e un girone di play-out con le rimanenti sei al termine del quale le ultime due classificate vennero retrocesse in 2.HNL.