L'etica ricoprì un ruolo importante nel pensiero di Prodico, tanto da essere apprezzato da Socrate (di cui talvolta viene riportato addirittura allievo) e citato da Senofonte, Platone. Questa sua attenzione alla sfera della morale e dell'etica mette infatti in crisi il pregiudizio che vede i sofisti come individui spregiudicati e avidi, strenui sostenitori del relativismo etico.

A dimostrazione di ciò Senofonte riporta, parafrasandola, la cosiddetta favola di Eracle al bivio,^[8] probabilmente contenuta nell'opera più famosa del sofista, intitolata Ὧραι (Stagioni). Eracle, divenuto adolescente e giunto quindi all'età in cui deve scegliere cosa fare della propria vita, se essere virtuosi o votarsi al vizio, incontra ad un bivio due donne, personificazioni della Virtù (Areté) e del Vizio (Kakía). Entrambe tengono un discorso al giovane, per indurlo a scegliere una delle due: la volontà di Eracle di seguire la Virtù è un'immagine del passaggio dell'uomo dalla sua natura originaria (physis) alla virtù «divina» (nomos), acquisibile per mezzo dell'educazione.^[9]

Prodico è anche celebre come "anticipatore" dell'evemerismo. Già il suo maestro Protagora era stato accusato di empietà, avendo assunto una posizione agnostica sugli dèi, sostenendo che di questi non si può sapere niente, né se esistano né se non esistano.^[10] Prodico invece spiegava la religione popolare sulla base della divinizzazione prima delle cose utili all'uomo e poi dei loro scopritori: in questo modo sono stati divinizzati dapprima il sole, la luna, i fiumi, e in seguito sono nate divinità come Demetra (il pane), Dioniso (il vino) ed Efesto (il fuoco e le sue potenzialità tecniche). In questo modo, a quanto affermano le testimonianze, Prodico ricollegava anche i riti misterici ai frutti dell'agricoltura.^[11] Egli sosteneva un utilitarismo etico che identificava il divino con ciò che è utile e giovevole per l'umanità.^[12]

Tuttavia, la fama di Prodico è dovuta soprattutto alla sua dottrina della sinonimica o dell'esatto significato dei nomi: tale dottrina consiste essenzialmente nell'analisi semantica dei termini sinonimi e nella determinazione del loro significato preciso e univoco. Da qui l'inesattezza della notizia antica, accettata anche da molti moderni, secondo cui Prodico sarebbe stato maestro di Socrate: ciò che a Socrate interessa, infatti, non è tanto il significato dei termini, quanto ciò che ciascuno vuole significare quando usa un determinato termine.^[13]

Sotto questa luce Prodico può essere considerato piuttosto come il predecessore della moderna filosofia analitica del linguaggio.

Si occupò in particolare anche dello studio dei nomi propri (onomastica) che trasformò in una fonte di lucro insegnando agli stranieri la corretta pronuncia delle nobili famiglie ateniesi, priva di inflessioni dialettali, al fine di procurarsene facilmente i favori e la cittadinanza.^[14] Altro interesse fu lo studio dell'etimologia delle parole e delle comunanze di significato che una radice portava ovunque con sé, intese come segno di un legame fra parola e la sua verità a prescindere dalle diversità dei vari idiomi.