La Puglia è la regione più orientale d'Italia. Il suo territorio è pianeggiante per il 53,3%, collinare per il 45,3% e montuoso solo per l'1,5%.
La Puglia è la regione meno montuosa d'Italia: il territorio è diviso tra il collinare e il pianeggiante, anche se vi sono singoli monti pressoché sparsi sul Gargano, sulla Daunia e sulle Murge. Il paesaggio collinare abbraccia il Gargano, parte del preappennino Dauno, le Murge baresi, tarantine e brindisine. Rilievi di modeste altitudini che non superano i 200 metri si trovano nel Salento, nella provincia di Lecce e prendono il nome di serre salentine. La restante parte pianeggiante è divisa tra il Tavoliere delle Puglie, la Terra di Bari e la pianura salentina.
La Puglia è bagnata dal Mar Adriatico e dal Mar Ionio. Le acque interne sono pressoché scarse. Non vi è alcun fiume percorribile tranne l'Ofanto, anche se per il breve tratto finale. La Puglia comprende anche, nel Mare Adriatico, l'arcipelago delle Isole Tremiti.
Il clima è tipicamente mediterraneo sulle zone costiere e pianeggianti, continentale sulle zone più interne e più alte delle Murge, dei Monti dauni e del Gargano. La provincia di Foggia, quella di Barletta-Andria-Trani e quella di Taranto sono tra le meno piovose d'Italia.