Utilizzato nel ruolo di pivot, Javi Sánchez ha militato in due tra le migliori società spagnole dell'epoca, cioè il Pinturas Lepanto e soprattutto il Playas de Castellón di cui, a fine carriera, è stato direttore tecnico. Con la prima è stato vicecampione d'Europa per club, battuto in finale dalla BNL Calcetto mentre con il Castellon ha ottenuto i migliori risultati vincendo il campionato spagnolo nel 1999-00 e nel 2000-01 nonché un European Champions Tournament nel 2001 e successivamente due Coppa UEFA nel 2002 e 2003.
Con la selezione spagnola Sánchez ha esordito in amichevole a Madrid in Spagna-Uruguay 6-0 del 19 ottobre 1993. Ha raggiunto le cento presenze nelle furie rosse nel marzo del 2003 nell'amichevole Spagna-Iran 6-2.