isocitrato deidrogenasi (NAD+) | |
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Modello tridimensionale dell'enzima | |
Numero EC | 1.1.1.41 |
Classe | Ossidoreduttasi |
Nome sistematico | |
isocitrato:NAD+ ossidoreduttasi (fosforilante) | |
Altri nomi | |
acido isocitrico deidrogenasi; isocitrato deidrogenasi (NAD-dipendente); NAD isocitrato deidrogenasi; IDH; nicotinammide adenin dinucleotide isocitrato sintasi | |
Banche dati | BRENDA, EXPASY, GTD, PDB (RCSB PDB PDBe PDBj PDBsum) |
Fonte: IUBMB | |
L'isocitrato deidrogenasi (NAD+), detta anche IDH, è un enzima, appartenente alla classe delle ossidoreduttasi, che prende parte al ciclo di Krebs.
Effetto
[modifica | modifica wikitesto]Catalizza la seguente reazione:
- isocitrato + NAD+ ⇄ α-chetoglutarato + CO2 + NADH
L'enzima isocitrato deidrogenasi realizza la terza reazione del ciclo di Krebs (o ciclo dell'acido citrico) nella quale rilascia una molecola di CO2 in seguito all'ossidazione e alla decarbossilazione dell'acido isocitrico. Nella reazione vengono rimossi due idrogeni, il primo è uno ione idruro H- che, durante l'ossidazione, viene trasferito al NAD+. L'altro idrogeno viene rimosso come H+ durante la decarbossilazione.
Un'altra isoforma dell'enzima catalizza la stessa reazione, non nel ciclo di Krebs ma nel citosol e nei mitocondri, ed utilizza come cofattore il NADP+ al posto del NAD+.
L'energia libera di Gibbs correlata all'intera reazione è, in entrambi i casi, di -8.4 kJ/mol. IDH ha infatti una Km relativa all'isocitrato molto bassa.
Struttura
[modifica | modifica wikitesto]La struttura dell'IDH umano non è ancora stata determinata. Si sa che la proteina è composta da 3 subunità, è allostericamente regolata, e richiede come substrato lo ione Mg2+ o il Mn2+. Una proteina omologa che abbia una struttura conosciuta è l'IDH NADP-dipendente di Escherichia coli, che ha solamente 2 subunità, un 13% di identità ed un 29% di somiglianza basata sulle sequenze di amminoacidi. Per tal motivo, si tratta solo di un lontano parente del IDH umano: la sua struttura tridimensionale non è attendibile per predire quella umana.
Regolazione
[modifica | modifica wikitesto]Lo step catalizzato dall'IDH, a motivo del suo grande , è una delle reazioni irreversibili nel ciclo di Krebs e per questo deve essere accuratamente regolata per evitare un'inutile dispersione di isocitrato (e un conseguente accumulo di α-chetoglutarato).
La reazione è stimolata semplicemente dall'abbondanza di substrato (isocitrato, NAD+, Mg2+ / Ca2+), dall'inibizione dei prodotti (da parte del NADH e α-chetoglutarato), e dall'inibizione della reazione inversa (dall'ATP).
Note
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Bibliografia
[modifica | modifica wikitesto]- Hathaway, J.A. e Atkinson, D.E. The effect of adenylic acid on yeast nicotinamide adenine dinucleotide isocitrate dehydrogenase, a possible metabolic control mechanism. J. Biol. Chem. 238 (1963) 2875–2881. Entrez PubMed 14063317
- Kornberg, A. e Pricer, W.E. Di- and triphosphopyridine nucleotide isocitric dehydrogenase in yeast. J. Biol. Chem. 189 (1951) 123–136. Entrez PubMed 14832224
- Plaut, G.W.E. Isocitrate dehydrogenases. In: Boyer, P.D., Lardy, H. e Myrbäck, K. (Eds), The Enzymes, 2nd edn, vol. 7, Academic Press, New York, 1963, pp. 105–126.
- Plaut, G.W.E. e Sung, S.-C. Diphosphopyridine nucleotide isocitric dehydrogenase from animal tissues. J. Biol. Chem. 207 (1954) 305–314. Entrez PubMed 13152105
- Ramakrishnan, C.V. e Martin, S.M. Isocitric dehydrogenase in Aspergillus niger. Arch. Biochem. Biophys. 55 (1955) 403–407.
- Vickery, H.B. A suggested new nomenclature for the isomers of isocitric acid. J. Biol. Chem. 237 (1962) 1739–1741. Entrez PubMed 13925783
- Camacho, M.L., Brown, R.A., Bonete, M.J., Danson, M.J. e Hough, D.W. Isocitrate dehydrogenases from Haloferax volcanii and Sulfolobus solfataricus: enzyme purification, characterisation and N-terminal sequence. FEMS Microbiol. Lett. 134 (1995) 85–90. Entrez PubMed 8593959
- Kim, Y.O., Koh, H.J., Kim, S.H., Jo, S.H., Huh, J.W., Jeong, K.S., Lee, I.J., Song, B.J. e Huh, T.L. Identification and functional characterization of a novel, tissue-specific NAD+-dependent isocitrate dehydrogenase β subunit isoform. J. Biol. Chem. 274 (1999) 36866–36875. Entrez PubMed 10601238
- Inoue, H., Tamura, T., Ehara, N., Nishito, A., Nakayama, Y., Maekawa, M., Imada, K., Tanaka, H. e Inagaki, K. Biochemical and molecular characterization of the NAD+-dependent isocitrate dehydrogenase from the chemolithotroph Acidithiobacillus thiooxidans. FEMS Microbiol. Lett. 214 (2002) 127–132. Entrez PubMed 12204383
Voci correlate
[modifica | modifica wikitesto]Altri progetti
[modifica | modifica wikitesto]- Wikimedia Commons contiene immagini o altri file su isocitrato deidrogenasi
Collegamenti esterni
[modifica | modifica wikitesto]- (EN) isocitrate dehydrogenase 1 / isocitrate dehydrogenase, su Enciclopedia Britannica, Encyclopædia Britannica, Inc.