Conan riceve un invito di partecipazione a una festa di un famoso architetto. Quest'ultimo si scopre poi essere un dinamitardo che ha posizionato delle bombe nelle sue opere architettoniche. Una delle costruzioni però, è il grattacielo nel quale si trova Ran, che avrebbe dovuto recarsi a un appuntamento con Shinichi. Per salvare la vita della ragazza si reca nel posto e scavando in mezzo alle macerie riesce a dare istruzioni a Ran per disattivare la bomba.

Ran riesce a ricordare, attraverso un sogno, un episodio della sua infanzia nel quale osserva il padre ferire la madre con un colpo di pistola. Mentre Ran tenta di spiegarsi quel gesto, un misterioso individuo pare avere del rancore verso Kogoro, al punto di attentare alla vita delle persone che conosce. Gli unici indizi che riconducono all'assassino sono delle carte da poker lasciate di volta in volta in prossimità delle vittime, con il particolare che il numero indicato sulla carta è contenuto nel nome stesso della vittima. Il numero 1 - l'asso di picche - rappresenta proprio Shinichi.

Kaito Kid (nell'edizione italiana del film chiamato "Furto Kid") ha inviato alla polizia un messaggio in cui annuncia che cercherà di impadronirsi di una scultura attribuita a Fabergé e appartenuta alla dinastia Romanov, ritrovata poi nella corporazione Suzuki a Osaka. Kogoro fa parte della squadra di sorveglianza e Conan lo segue. Ma Kaito non è il solo intenzionato a rubare la scultura. In questo film, grazie all'aiuto del ladro, Conan riesce a nascondere la sua identità a Ran.

Alcuni ufficiali di polizia vengono uccisi da uno sconosciuto, mentre l'agente Sato viene quasi assassinata dallo stesso omicida; l'unica testimone oculare è Ran, che tuttavia per lo shock subìto soffre di amnesia. Conan è quindi costretto a scoprire l'assassino prima che possa attentare alla vita di Ran, e allo stesso tempo a proteggere la sua identità.

Conan e gli altri devono risolvere i delitti che si celano dietro la costruzione delle due torri di West Tama City. Tutti gli indizi conducono a un serial killer. Inoltre, all'inaugurazione delle torri, i ragazzi si ritrovano intrappolati nell'edificio in fiamme mentre Gin e Vodka tramano nell'ombra.

Alla presentazione di un nuovissimo e futuristico software in cui il giocatore si immedesima direttamente nel videogioco, l'intelligenza artificiale "Arca di Noè" assume il controllo del computer principale e minaccia di uccidere i bambini scelti per testare il video game. Conan, Ran, Ai e i giovani detective si ritrovano così nella Londra di Sherlock Holmes, sulle tracce del misterioso Jack lo Squartatore.

Conan investiga sull'omicidio di cinque uomini membri della "Genjibotaru", un gruppo di ladri di opere d'arte e reperti antichi.

Kaito Kid ha intenzione di trafugare un prezioso anello con zaffiro di proprietà di un'attrice. Kogoro è chiamato in causa e Conan è con lui; Kid si traveste da Shinichi, ma il reale ragazzo, tra numerose difficoltà, riesce a impedire il furto. Durante un viaggio in aereo con Conan, Kogoro, Ran, Sonoko, Agasa e i Detective Boys, l'attrice viene avvelenata, e Conan e Kid si ritrovano a fare squadra per pilotare l'aereo (i piloti stessi erano stati intossicati per errore).

I protagonisti sono su una nave da crociera in cui viene commesso un duplice omicidio. La nave sta per affondare e Ran rischia la vita; Conan e Kogoro riescono a salvarla.

Un cliente invita Kogoro e la sua famiglia, compresi i Giovani Detective, a raggiungerlo in un hotel di un grande parco divertimenti. Qui un uomo che si presenta come collaboratore del cliente di Kogoro, distribuisce a ogni presente un braccialetto per entrare nel parco. L'investigatore e Conan, che viene trattenuto assieme a Kogoro nell'hotel, capiscono che il braccialetto è in realtà una bomba che si attiva nel momento in cui la persona che lo indossa esce dall'area del luna park. Per salvare la vita a Ran e ai bambini, Conan deve risolvere il mistero utilizzando alcuni indizi, che lo porteranno a risolvere un caso di rapina e omicidio avvenuti poco tempo prima.

Un cacciatore di tesori viene assassinato; al contempo i protagonisti vengono a conoscenza di un presunto bottino lasciato su un'isola giapponese dalla pirata Anne Bonny.

Conan cerca di fermare un dinamitardo che vuole uccidere una giovane promessa del mondo della musica, Akiba, facendo esplodere la platea dove si esibirà la cantante.

Quando una regina e un principe muoiono in un incidente di caccia, Conan dovrà risolvere il loro caso. Nel frattempo, Lupin III ha messo gli occhi sulla corona reale.

Mentre la polizia indaga su degli omicidi plurimi ed è alla ricerca del serial killer, un nuovo membro dell'organizzazione, Irish, infiltrato in centrale riesce a scoprire la vera identità di Conan, mettendo in serio pericolo i conoscenti del giovane detective.

Conan, Ran, Kogoro, Sonoko, Agasa e i Detective Boys sono su un dirigibile diretto verso Osaka, che verrà però preso d'assalto dall'organizzazione dei siamesi rossi. In questo film compare anche Kaito Kid.

Questa storia inizia con una minaccia contro il governatore di Tokyo di fare esplodere un tunnel della metropolitana, ma Conan riuscirà a impedire che vengano coinvolte persone nell'esplosione. Conan apprende che potrebbe esserci una connessione con l'esplosione con un villaggio che è stato trasferito per la costruzione di una diga e corre per fermare i criminali prima del prossimo attacco ma per salvare gli abitanti viene travolto da una valanga; i suoi amici devono riuscire a trovarlo in un quarto d'ora (da questo il titolo)

L'agenzia investigativa Mori riceve una telefonata da parte di qualcuno che lancia un allarme bomba e lascia un messaggio in codice grazie al quale si può evitare l'esplosione. La bomba si trova nello stadio durante una partita tra i Tokyo Spirits e i Big Osaka.

Su un incrociatore delle forze di autodifesa giapponesi viene trovato il braccio mozzato di un ufficiale di marina. Sulla nave si trovano Conan, Ran, Kogoro, Sonoko, i Detective Boys e altri civili per assistere a una dimostrazione. Ran si trova in pericolo e Conan dovrà affrontare una spia infiltratasi sulla nave chiamata "X".

Lupin III, Il famoso ladro gentiluomo, mette gli occhi su un leggendario grande e prezioso gioiello, il "Cherry Sapphire", e Conan si propone di fermarlo. Dopo l'arrivo della lettera da parte del ladro in cui dichiara ciò che ruberà, gli ispettori Zenigata e Megure si muovono insieme per arrestarlo. Nel frattempo, in Giappone, viene organizzato il concerto di Emilio Baretti, un famoso cantante italiano. Conan si accorge che Lupin e la sua banda si nascondono tra gli organizzatori e che però c'è anche un misterioso uomo in agguato nell'oscurità: Allen Smithy.

Mentre Conan, Agasa, Ran, Ai e i Detective Boys partecipano alla cerimonia di apertura della Bell Tree Tower, un grattacielo di Tokyo, un proiettile entra attraverso una finestra e uccide un uomo. Conan individua il cecchino e lo insegue insieme a Masumi Sera con la moto, ma quest'ultimo fa esplodere delle auto della polizia e, in seguito, anche l'FBI viene coinvolto nell'inseguimento. Dopo che il colpevole è sparito in mare, Conan, Sera, la polizia e l'FBI scoprono che esiste uno squadrone speciale della marina militare americana, la Navy Seals.

Kaito Kid ha messo gli occhi su uno dei quadri della serie Girasoli, dipinto da Van Gogh, e pare pronto a mettere un sacco di persone in pericolo di vita pur di ottenerlo. Naturalmente è innocente e il vero colpevole vuole che sia condannato al suo posto.

Una NOC eterocromica viene incaricata dall'Organizzazione nera di fare irruzione nella pubblica sicurezza giapponese e accedere ai file segreti classificati su tutte le spie delle agenzie di intelligence che si sono infiltrate. Messa in fuga da Tooru Amuro dopo averli rubati, Shuichi Akai spara alla macchina facendola finire fuori strada. La donna sopravvive all'esplosione, ma soffre di amnesia e il suo cellulare è rotto. Il giorno dopo, Conan, Ai, Agasa e i Detective Boys si incontrano al Tōto Aquarium, un parco divertimenti rinnovato di recente. Sotto il fulcro del parco, un'enorme ruota panoramica, scoprono la donna ferita. Decidono quindi di starle vicino per aiutarla a recuperare la memoria. In agguato e armata, Vermouth sente tutto e contatta Gin per informarlo che è come previsto.

Un giorno di autunno, alla Nichiuri TV di Osaka, Conan e gli altri incontrano Momiji Ooka, una misteriosa e bella ragazza che dice di essere la promessa sposa di Heiji, dichiaratosi quando era piccolo, e la campionessa liceale di Ogura Hyakunin Isshu. Esplode una bomba e Heiji e Kazuha si salvano per un pelo grazie a Conan. Intanto, in una casa giapponese di Arashiyama, nella periferia di Kyoto, viene trovato assassinato il campione della Coppa Satsuki, che stava guardando un precedente match di Momiji, con diverse carte karuta sparse intorno. Kazuha finisce per dover affrontare la sua rivale in amore nella gara alla finale della Coppa Satsuki, così inizia ad allenarsi con la madre di Heiji, esperta giocatrice di karuta.

La nuova struttura "Edge of Ocean" nella baia di Tokyo ospiterà un summit con i vertici della città. Giorni prima di questo incontro internazionale avviene all'improvviso un'esplosione, la quale distrugge l'edificio dove doveva tenersi il summit. Con l'inizio delle indagini da parte della polizia, troviamo l'interferenza di Tooru Amuro, agente della polizia di pubblica sicurezza, con il soprannome di "Zero". Conan viene turbato dal misterioso comportamento di Amuro, che fa le sue mosse in segreto dietro all'incidente. Successivamente nel centro congressi, luogo dell'attentato, le impronte digitali lasciate su una parte di detrito corrispondono a quelle di Kogoro Mori, che era precedentemente parte del dipartimento di polizia metropolitana. Essendo una cospirazione, Conan e Amuro indagano sul caso.

Lo zaffiro più grande del mondo si trova a Singapore e un miliardario ha intenzione di esibirlo all'interno del prestigioso albergo Marina Bay Sands. Tuttavia, il ricco proprietario viene ucciso e lo zaffiro scompare, mentre tutti i sospetti ricadono su Kaito Kid, che però è innocente. Il ladro necessita quindi dell'aiuto di Conan, che però si trova nel suo paese e non può viaggiare su un volo internazionale sotto falso nome. Di conseguenza, non esita a rapirlo e a portarlo sul luogo del misfatto, nascosto dentro una valigia protetta dai controlli, per risolvere definitivamente la situazione.

Il Giappone sta celebrando l'avvicinarsi degli "World Sports Games", il più grande evento sportivo del mondo che si terrà a Tokyo. Per la cerimonia d'apertura sarà mobilitato niente popodimeno che il "Japan Bullet", il treno più all'avanguardia del mondo, con una velocità massima di 1000 km/h. Durante una festa organizzata dagli sponsor di tale evento si verificano dei rapimenti a discapito di alcune persone di spicco che fanno parte del comitato dell'evento sportivo. Sarà compito di Conan risolvere il mistero, che lo porterà a collegare i precedenti WSG di Boston ai rapimenti.

Presso l'edificio Shibuya Hikarie si sta svolgendo la simulazione di un matrimonio, con Miwako Sato e Wataru Takagi nel ruolo di sposi. Allo stesso tempo, il criminale di bombardamenti seriali dell'incidente di tre anni fa che ha ucciso Jinpei Matsuda (di cui Miwako era innamorata) scappa. Rei Furuya, che era un compagno di classe di Jinpei all'accademia di polizia, rintraccia il colpevole, ma appare una misteriosa persona in costume che gli attacca un collare bomba al collo. Conan viene a sapere dell'incidente accaduto tre anni fa da Rei e cerca di prevenire altri attentati.

Sull'isola di Hachijō-jima, a sud di Tokyo, si stanno radunando ingegneri da diversi Paesi per assistere al lancio di un nuovo sistema che consente la connessione dei sistemi di videoriprese delle camere di videosorveglianza di tutto il mondo, oltre al relativo riconoscimento facciale. Vi si reca anche Conan, grazie a un invito di Sonoko; una volta lì, il giovane detective viene informato da Subaru Okiya dell'assassinio di un agente dell'Europol in Germania da parte di Gin, membro dell'Organizzazione nera. Conan si aggira così per la nuovissima struttura dell'isola, proprio quando l'Organizzazione decide di rapirvi un'ingegnere donna per scovare alcuni preziosi dati all'interno di una sua pennetta USB che potrebbero compromettere l'identità di Ai Haibara.

È ambientato ad Hakodate, nella regione dell'Hokkaido, e oltre a Conan vede protagonisti Kaito Kid e Heiji.