La terza e ultima stagione della serie televisiva Millennium è stata trasmessa negli Stati Uniti dal 2 ottobre 1998 al 21 maggio 1999 su Fox.
In Italia la stagione è andata in onda dal 25 ottobre al 18 novembre 2002 su Italia 1.
| nº | Titolo originale | Titolo italiano | Prima TV USA | Prima TV Italia |
|---|---|---|---|---|
| 1 | The Innocents (1) | Innocenti | 2 ottobre 1998 | 25 ottobre 2002 |
| 2 | Exegesis (2) | Analisi finale | 9 ottobre 1998 | 26 ottobre 2002 |
| 3 | TEOTWAWKI | Millennium bug | 16 ottobre 1998 | 28 ottobre 2002 |
| 4 | Closure | Senza un perché | 23 ottobre 1998 | 29 ottobre 2002 |
| 5 | ...Thirteen Years Later | Il maniaco dell'horror | 30 ottobre 1998 | 30 ottobre 2002 |
| 6 | Skull and Bones | Il collezionista di ossa | 6 novembre 1998 | 31 ottobre 2002 |
| 7 | Through a Glass, Darkly | Un passato da dimenticare | 13 novembre 1998 | 1º novembre 2002 |
| 8 | Human Essence | Demone sulla pelle | 11 dicembre 1998 | 2 novembre 2002 |
| 9 | Omertà | Energia guaritrice | 18 dicembre 1998 | 4 novembre 2002 |
| 10 | Borrowed Time | Pericolo per Jordan | 15 gennaio 1999 | 5 novembre 2002 |
| 11 | Collateral Damage | La resa dei conti | 22 gennaio 1999 | 6 novembre 2002 |
| 12 | The Sound of Snow | Messaggi subliminali | 5 febbraio 1999 | 7 novembre 2002 |
| 13 | Antipas | I figli del male | 12 febbraio 1999 | 8 novembre 2002 |
| 14 | Matryoshka | Il segreto della matryoska | 19 febbraio 1999 | 9 novembre 2002 |
| 15 | Forcing the End | La profezia mancata | 19 marzo 1999 | 11 novembre 2002 |
| 16 | Saturn Dreaming of Mercury | I vicini di casa | 9 aprile 1999 | 12 novembre 2002 |
| 17 | Darwin's Eye | L'occhio di Darwin | 16 aprile 1999 | 13 novembre 2002 |
| 18 | Bardo Thodol | Cellule staminali | 23 aprile 1999 | 14 novembre 2002 |
| 19 | Seven and One | Una luce nelle tenebre | 30 aprile 1999 | 15 novembre 2002 |
| 20 | Nostalgia | La sesta vittima | 7 maggio 1999 | 16 novembre 2002 |
| 21 | Via Dolorosa (1) | L'ombra del giustiziato | 14 maggio 1999 | 18 novembre 2002 |
| 22 | Goodbye to All That (2) | Progetto superuomo | 21 maggio 1999 | 18 novembre 2002 |
