Il giovane Keiichi Maebara si trasferisce con la famiglia nella cittadina rurale di Hinamizawa; qui conosce a fa presto amicizia con 4 ragazze, che sono anche sue compagne di classe nella nuova scuola che frequenta: Rena Ryūgū - anche lei andata a vivere lì da poco - Mion Sonozaki, Satoko Houjou - la più giovane del gruppo- ed infine Rika Furude. Il ragazzo entra subito a far parte del loro club del doposcuola - dove per lo più giocano in compagnia - e la vita scorre apparentemente tranquilla fino a quando un uomo che fa il fotografo professionista, Jirou, non gli narra l'oscura vicenda riguardante un omicidio insoluto verificatosi nel paese 5 anni addietro. Viene così a conoscenza della storia relativa al progetto di costruzione, poi andato a monte, di una diga che avrebbe dovuto sommergere l'intera Hinamizawa; ma dopo che il responsabile dei lavori fu trovato assassinato il governo interruppe l'iter, anche a seguito delle veementi proteste della popolazione della zona. Keiichi, quando si trova a chiedere a Rena e Mion notizie a riguardo degli incidenti allora accaduti, si trova inaspettatamente di fronte ad un muro di silenzio; le due amiche eludono le domande, anzi si rifiutano categoricamente di parlarne e questo strano fatto rende di colpo il ragazzo assai sospettoso. Mentre poi si trova assieme a Rena alla discarica, nel tentativo di recuperare da sotto le montagne di rifiuti un manichino che la ragazzina desidera avere, gli capitano casualmente sotto gli occhi delle vecchie riviste che parlano proprio del fatto di sangue accaduto in paese: il responsabile del progetto per la costruzione della diga era stato fatto a pezzi a colpi d'ascia ed il colpevole non è mai stato trovato. L'assassino pertanto è ancora a piede libero e con molta probabilità abita lì al paese in mezzo a tutti gli altri.

Durante il festival annuale di Watanagashi, Keiichi viene informato dal fotografo e da una donna misteriosa che si trova assieme a lui, Miyo, circa la tremenda maledizione che grava sopra la festa: tutta una serie di omicidi efferati e sparizioni si sono verificate ogni anno consecutivamente durante la notte della festa, da 4 anni a questa parte, e tutti presumibilmente causati proprio dalla cosiddetta "maledizione del monaco", la divinità chiamata Oyashiro custode del tempio di Hinamizawa. La mattina seguente Keiichi viene interrogato fuori da scuola da un anziano detective della polizia locale, Ooishi; viene così a sapere che il fotografo è stato trovato morto dissanguato, probabilmente suicida - si è tagliato la gola con le proprie stesse unghie - mentre la donna che era con lui è scomparsa. Da questo momento in poi il ragazzo comincia a veder le cose che lo circondano e le 4 ragazze sue compagne in modo alquanto differente; dallo strano ed enigmatico comportamento di Rena e Mion inizia a sospettarle di nascondergli qualcosa, se non addirittura di esser colluse con i crimini seriali degli ultimi anni. Presto però anche Keiichi vien accusato da Rena di mantener segrete delle cose che lo riguardano, questo a causa dei legami che intrattiene col poliziotto, fatto di cui le ragazze si son accorte e che non approvano affatto; ma poco dopo Keiichi viene anche a sapere che una delle vittime della maledizione è stato Satoshi, un ragazzo che se n'è andato poco prima che arrivasse lui. Infine s'accorge con sgomento e già quasi un po' di terrore che Rena lo sta spiando fin dall'inizio.

Le paure di Keiichi crescono a tal punto che si dà malato per un periodo di tempo e salta la scuola, al fine d'evitar un confronto diretto con le compagne e nel contempo approfittarne per approfondir le questioni riguardanti i presunti misteri che dominano il paese. Il detective invita poi per telefono il ragazzo a pranzo in una trattoria e lì gli racconta che tutte le vittime della maledizione si trovano più o meno intimamente collegate con le 4 ragazze da lui frequentate. Quella sera stessa sul tardi si presentano davanti alla porta di casa di Keiichi - i genitori son dovuti stare a Tokyo per una notte e lui si trova da solo - Rena e Mion per consegnargli una scatola di Ohagi (polpette di riso e pasta di fagioli): pensano che magari non ha avuto voglia di cucinare e così gli han preparato loro qualcosa da mangiare. Mentre li sta addentando però s'accorge che all'interno d'uno di essi vi si trova un ago: il ragazzo si convince a questo punto senza più alcun'ombra di dubbio che stiano attentando alla sua vita. A partir dalla mattina seguente Keiichi s'arma d'una mazza da baseball che ha trovato abbandonata all'interno d'un armadietto della scuola e finge con quella di voler allenarsi in giardino durante le ore di ricreazione; verrà a sapere che quella mazza apparteneva a Satoshi e le ragazze finiscono col rivelargli che anche l'ex compagno aveva dimostrato un comportamento del tutto simile a quello attuale di Keiichi prima di scomparire nel nulla.

Rena inizia a comportarsi in maniera alquanto strana e sembra mettersi a pedinare Keiichi, trascinando così il ragazzo ancor più verso un gorgo di dubbi e sospetti: ritrovatosela davanti alla porta di casa, non esita a chiudergliela davanti, ferendogli le dita. Mion, che pare dispiaciuta per il repentino cambio di atteggiamento del ragazzo, tenta di scusarsi con lui ma lui la respinge con freddezza e finiscono per accusarsi reciprocamente di tener per sé dei segreti (riguardo ai fatti della diga ed al rapporto col detective). Incrociatisi nuovamente in seguito per strada Rena risponde alle accuse implicite rivoltegli da Keiichi affermando che gli omicidi seriali son tutti opera della maledizione del monaco; il ragazzo, davanti a Rena con la faccia stravolta ed armata di ascia scappa, ma viene inseguito da un misterioso gruppo di uomini che a bordo d'un furgoncino cercano d'investirlo e perde i sensi. Si risveglia intontito a letto nella sua camera con davanti Rena e Mion che tentano di iniettargli uno strano liquido con una siringa. Keiichi a questo punto si difende con tutte le forze che ha ancora a sua disposizione e colpisce a morte le due ragazze utilizzano la mazza da baseball di Satoshi. Infine scappa all'esterno ed entrato in una cabina telefonica pubblica chiama Ooishi e gli racconta tutto, spiegandogli d'aver scritto anche le sue impressioni e dubbi in un bigliettino che ha nascosto dietro l'orologio a muro di casa. Accorso sul posto il detective trova Keiichi morto dissanguato dopo essersi tagliato la gola con le sue stesse unghie e, nella sua camera, i corpi martoriati senza vita di Rena e Mion.

Keiichi viene a sapere che Mion ha una sorella gemella, identica d'aspetto ma differente di carattere, di nome Shion Sonozaki la quale lavora in un maid café In seguito si rende conto che entrambe provano qualcosa nei suoi riguardi; l'una pare esser sempre più gelosa dell'altra a causa delle attenzioni che il ragazzo rivolge loro.

Keiichi viene a conoscenza della maledizione che sovrasta il paese; durante la serata del festival di Watanagashi, mentre Rena si sta esibendo in una danza cantata, Shion trascina via Keiichi di nascosto dirigendosi verso il capannone ove si conservano tutti gli oggetti rituali della festività: l'ingresso è severamente vietato tranne che alla sacerdotessa specificamente addetta. Qui incontrano Miyo e Jirou che stan cercando di forzarne l'apertura; mentre il fotografo fa la guardia all'ingresso gli altri entrano a dare un'occhiata. Trovano così al suo interno, oltre ad una statua di legno che rappresenta lo spirito del monaco protettore del paese, anche una notevole quantità di strumenti di tortura; Miyo allora spiega quello che secondo lei è il significato originario dei riti svolti durante la festa: la sua teoria è che gli abitanti di Hinamizawa proseguono la secolare tradizione di sacrificar degli esseri umani a Oyashiro. Shion e Keiichi promettono di non dir a nessuno d'essersi intrufolati senza permesso nel capannone del santuario. In seguito però il ragazzo pare abbastanza turbato quando viene interrogato a proposito sia da Mion che dall'anziano detective su cosa abbia fatto la notte del festival: Keiichi apprende così da Shion che Miyo è stata trovata morta bruciata ed il fotografo a sua volta con la gola squarciata. Il ragazzo comincia a preoccuparsi della propria sicurezza e pare rinfacciar a Shion d'averlo trascinato in tal situazione.

Rika sembra conoscere le azioni di Keiichi e in una conversazione metaforica promette di aiutare il "gattino che ha fatto qualcosa di brutto" la notte del festival, informando i "cani grandi" che il "gatto" non aveva cattive intenzioni, e allude al fatto che Mion sia arrabbiata con Shion. Avverte Keiichi che se lo stesso "cane" che ha morso il capo del villaggio dovesse cercare di morderlo dovrebbe riferirglielo. Keiichi scopre così che il capo del villaggio, Kimiyoshi, è scomparso e Shion gli dice che ha confessato a quest'ultimo ciò che hanno fatto. La ragazza pensa che sia colpa sua se la maledizione lo ha portato via perché aveva promesso di aiutarli mentre Keiichi crede che anche Rika sia in pericolo. Keiichi, Rena e Mion vanno a casa di Rika e Satoko, solo per scoprire che se ne sono andate, così Keiichi parla con Ooishi. Questi gli fornisce il suo resoconto delle attività del capo villaggio prima di scomparire, smentendo la confessione di Shion. Così il ragazzo tenta di affrontarla al telefono ma questa fornisce solo risposte negative e chiude la telefonata dopo aver riso follemente.

Keiichi e Rena scoprono che Rika e Satoko sono scomparse e vanno a casa di Mion in quanto la polizia non ha un motivo abbastanza valido per un mandato di perquisizione. Mion ammette che Rika e Satoko erano state da lei e che le aveva uccise con le proprie mani. Chiede di avere un colloquio privato con Keiichi prima che la polizia la arresti, e attira il ragazzo in una camera delle torture, quo vede Shion rinchiusa nella cella sotterranea che gli urla di fuggire prima che Mion lo stordisca. Mentre Mion si prepara a torturare Keiichi, gli dice che ciò non sarebbe accaduto se avesse dato la bambola a Mion, così il ragazzo crede che sia posseduta da Oyashiro e le chiede di restituire il corpo di Mion e di risparmiare Shion. Mion sente un rumore e presume che Rena abbia chiamato la polizia, così fa perdere i sensi a Keiichi, ma poi lui e Shion vengono liberati dai poliziotti. Pochi giorni dopo, Mion arriva a casa di Keiichi durante la notte e lo pugnala allo stomaco. All'ospedale, Keiichi scopre che Shion è morta buttandosi dal balcone del suo appartamento ma Ooishi rivela che la vera Mion era già deceduta in fondo al pozzo. Quindi Ooishi gli parla di Takano, la quale secondo il rapporto dell'autopsia, era già morta ore prima che lei irrompesse nel capanno degli attrezzi rituali. Dopo che Ooishi se ne è andato, Mion tende un'imboscata a Keiichi e lo uccide.

Il corpo mutilato di una donna viene improvvisamente trovato in una città vicina che scorre lungo un canale fognario. I genitori di Keiichi partono per Tokyo per alcuni giorni. Aiutato da Satoko e Rika, che gli preparano la cena, Keiichi viene a conoscenza di Satoshi e di dove si trovava la notte del festival dell'anno precedente, poco prima che si "trasferisse" (scomparisse) pochi giorni dopo, così decide di agire come un fratello surrogato di Satoko. Alla partita di baseball e al barbecue a cui era stato invitato dai suoi amici, incontra Kyousuke Irie, il medico e il direttore della clinica Irie di Hinamizawa con il quale condivide le preoccupazioni per il benessere di Satoko. Irie dice a Keiichi che sono passati tre anni da quando Satoshi e i genitori di Satoko sono morti dopo essere caduti in un fiume di un canyon. Menziona anche che Satoshi si era già "trasferito" l'anno prima con grande stupore di Keiichi. Shion non la prende bene quando Keiichi gli chiede di lui e Rena afferma che Satoshi era stato maledetto da Oyashiro e Mion non sa dove si trovi.

Mentre Satoko è assente da scuola per alcuni giorni, Keiichi scopre che viene maltrattata da suo zio Teppei quando ha visto lividi sul suo corpo mentre si recava a casa della sua famiglia per controllarla. Irie informa Keiichi che Teppei ha lasciato il villaggio dopo che sua moglie era stata uccisa durante il festival l'anno prima ed è tornato dopo la morte della sua amante, quindi rimane in città per evitare la yakuza. Sostiene anche che Satoko creda che sia stata colpa sua se Satoshi è scomparso perché era troppo dipendente da lui e giura di sopportare gli abusi di Teppei nella speranza che un giorno possa finalmente tornare a casa. Pochi giorni dopo, Satoko torna a scuola come se Teppei non fosse mai esistito, ma soffre di un terribile crollo mentale durante l'ora di pranzo dopo che Keiichi l'ha accarezzata.

Keiichi si rende conto che Satoko rimarrà traumatizzata per tutta la vita se Teppei se la maltratterà spesso e decide di ucciderlo. Chiama al telefono Mion e le chiede di portare Satoko al festival, affermando che aveva alcune cose da fare. Mion sostiene che era esattamente ciò che aveva detto Satoshi prima di scomparire lo scorso anno. Dopo aver realizzato che Satoshi era forse colui che aveva ucciso sua zia invece di un tossicodipendente per proteggere Satoko, Keiichi architetta il suo piano per tendere un'imboscata e fare la stessa cosa a Teppei usando la mazza da baseball di Satoshi per poi seppellirne il corpo. Mentre torna a casa durante un temporale, Keiichi incontra Takano alla guida della sua macchina, che gli dà un passaggio e si sorprende quando lei gli chiede se avesse già seppellito il corpo di Teppei.

Keiichi viene portato a casa da Takano che poi se ne va; il giorno dopo, rimane sorpreso quando i suoi amici gli dicono che in realtà era stata al festival di Watanagashi con loro per tutto il tempo. Satoko afferma nuovamente che Teppei sta abusando di lei, anche se Keiichi credeva di averlo già ucciso. Si reca nell'ufficio del dottore, dove confessa l'omicidio a Irie. Sebbene prometta di aiutarlo, lo sente parlare con il suo assistente mentre si prepara a mettere dei sedativi nel tè che gli avrebbero offerto. Keiichi va nel bosco per riesumare il corpo di Teppei dopo essere diventato scettico sul fatto che abbia ucciso la persona sbagliata quando Ooishi arriva sulla scena e lo costringe a scavare una buca, solo per scoprire che il corpo di Teppei è sparito.

Keiichi si reca alla residenza Houjou per accertare lo stato di Teppei e sente anche dei passi mentre sta per andarsene. Sul luogo, trova Satoko nella vasca da bagno e ha bisogno di essere medicata. Keiichi porta Satoko alla clinica ma sente per caso dalla polizia che Irie si è suicidato con dei sonniferi e che Ooishi è scomparso dal villaggio. Keiichi scopre il corpo sventrato di Rika al santuario e Satoko crede che Keiichi sia posseduto da Oyashiro, così lui cerca di convincerla che non sia così, ma lei lo spinge giù da un ponte. Il gas tossico dalla palude di Onigafuchi emerge improvvisamente e uccide tutti gli abitanti del villaggio, ma Keiichi sopravvive comunque alla caduta dal ponte. Riesce a salvarsi anche al gas tossico e viene portato in ospedale.

Cinque anni prima, durante la protesta per il progetto della diga, Mamoru Akasaka indagò sul rapimento di Toshiki Inukai, il nipote del responsabile della futura edificazione. Ooishi racconta ad Akasaka del comitato di opposizione al progetto della diga e di tre famiglie al comando, poi questi, spacciandosi come turista del villaggio, incontra Rika. Lei lo avverte di tornare a Tokyo, ma poi inizia a comportarsi normalmente. Un collega di Ooishi fornisce informazioni ad Akasaka sul progetto, guidato da Oryo. Vengono a conoscenza del bambino scomparso e sanno che un investigatore della polizia alle prime armi è stato inviato al villaggio. Ha dato l'ordine di prendersi cura di lui, se questi cominciasse a immischiarsi troppo nei loro affari. Il giorno successivo, Ooishi informa Akasaka che hanno recuperato degli indizi sul bambino scomparso in un villaggio deserto chiamato Takatsudo.

Akasaka e Ooishi trovano il nascondiglio dei rapitori e salvano Toshiki, ma Akasaka viene colpito da uno di loro. Scoprono che i loro sforzi sono stati vani perché le richieste dei responsabile erano già state soddisfatte. Akasaka cerca di contattare la moglie incinta, Yukie, usando i telefoni in ospedale e per strada, ma tutti i cavi sono stati tagliati da qualcuno. In una particolare cabina telefonica, trova Rika e le chiede se ha tagliato i fili e lei risponde che fare una chiamata lo renderebbe triste. Lo porta quindi a vedere il festival e una minacciosa Rika descrive ogni morte avvenuta nel 1979 e che l'ultima sarà il suo omicidio, poi gli suggerisce di sopravvivere e di vivere una vita felice. Le prove hanno rivelato che Yukie è morta cadendo dalle scale dell'ospedale, ma fortunatamente il loro bambino era sopravvissuto. Alcuni anni dopo, Akasaka fa visita a Ooishi nel luogo di nascita di sua madre a Hokkaido e rivela ciò che Rika gli disse la notte di diversi anni prima. Ooishi gli dice che il giorno del grande disastro, Rika era stata uccisa dopo essere entrata in coma a causa del cloroformio. Successivamente Akasaka rivela di essere tornato per scoprire la verità sulla maledizione.

Per generazioni, la famiglia Sonozaki ha ucciso il più giovane dei gemelli appena nati per sedare loro le disgrazie. Decise di mandare senza successo Shion al collegio di St Lucia, ma lei se ne andò dopo diverso tempo. Con il desiderio di vivere da sola, Shion si comporta come Mion e ottiene un lavoro nel negozio dello zio, e così con l'appoggio della sua guardia del corpo Kasai e di Mion riesce a mandare avanti la sua montatura. Shion incontra poi Satoshi, che la scambia per Mion, e dopo aver preso il ragazzo in simpatia scopre che i genitori di Satoko sono stati vittime della maledizione legata alla diga. Così Satoshi e Satoko vengono ospitati dai loro zii, anche se vengono denigrati dal resto del villaggio per via del legame parentale con i loro genitori. Shion va a scuola al posto di Mion e fa amicizia con Satoshi, dopodiché giunge l'ora di pranzo e la ragazza picchia e insulta Satoko perché ha fatto cadere il suo cestino ma Satoshi la ferma. Shion scopre così che Satoshi disprezza la sua famiglia per aver perseguitato la sua in quanto avevano contribuito alla costruzione della diga.

Dopo aver convinto Shion a prendersi cura di Satoko, Satoshi uccide sua zia con una mazza da baseball durante il festival. Shion, travestita da Mion, sospetta che sia lui il colpevole, ma gli fornisce un alibi quando Ooishi la interroga e afferma di non essere sua sorella. I suoi familiari la trovano quando Ooishi esamina la sua versione dei fatti e viene riportata nella tenuta di famiglia per rispondere a sua nonna dei problemi che aveva causato. Quando Shion insulta i suoi parenti e proclama il suo amore per Satoshi, viene punita dagli scagnozzi e da Mion che le inchiodano tre dita sulla mano. Pochi giorni dopo, Ooishi racconta a Shion della scomparsa di Satoshi e di un tossicodipendente identificato come l'assassino.

Shion indaga ulteriormente sulla maledizione e sugli omicidi degli ultimi quattro anni e incontra Takano in biblioteca che le racconta di più sul passato. Questa spiega che gli abitanti del villaggio erano soliti chiamare Onigafuchi e che, secondo il rituale del sacrificio del dio, per ogni vittima doveva esserci un numero equivalente di persone scomparse, annegate nella palude senza fondo. Questo porta Shion a credere che Satoshi sia stato sacrificato dalla sua famiglia e sente che il demone che risiede dentro di lei si è risvegliato. Dopo l'incontro di Shion con Takano, viene visitata da Mion nel suo appartamento, tenta di strangolarla ma scopre che Mion si è disinchiodata negli stessi punti di Shion perché non voleva che si prendesse il fardello tutto per lei e dissuadesse Oryō dall'intraprendere ulteriori azioni contro Shion e Satoshi prima che se ne andasse. Passa un anno e le vicende sono ambientate prima del festival. Keiichi incontra Shion e scopre ciò che è successo a Satoshi, dopodiché avviene un altro salto temporale e la scena si sposta a quando Tomitake, Takano, Keiichi e Shion ispezionano il santuario. Dopo il festival, Shion si sveglia da una sbornia e sente Mion e Oryō discutere degli eventi accaduti su Takano e sulle indagini. Shion tenta di andarsene per paura di essere punita, ma viene catturato da Mion.

Shion crede che la sua famiglia sia collegata agli atti di "scacciare via" le persone nel villaggio, specialmente nel caso di Satoshi. Colpisce Mion e sua nonna con il taser che uccide involontariamente quest'ultima e imprigiona Mion nel sotterraneo accusandola di essere stata implicita su Satoshi. Il giorno successivo Shion finge di essere Mion e affronta Keiichi per il loro incontro precedente, che il ragazzo però nega. Shion partecipa a una riunione del consiglio del villaggio e attira il capo nella sua tenuta, qui lo colpisce con il taser dopo che lui rivela che la sua "distinzione" (dopo aver strappato le unghie) era tale che Kasai, suo zio e la stessa Shion non sarebbero stati uccisi, confermando che le sorelle e la loro nonna non avevano "perdonato" Satoshi.

Shion tortura il capo del villaggio per ottenere informazioni sui precedenti omicidi e Satoshi. Shion incontra poi Rika a scuola e parla dei vari assassinii, ma finisce per litigare con quest'ultima. Rika si autoinvita alla tenuta Sonozaki dove si suicida pugnalandosi ripetutamente alla testa, dopo che Shion le ha iniettato qualche sostanza mediante una siringa. A questo punto Shion chiama al telefono Satoko invitandola nella sua casa con l'intenzione di catturarla.

Shion inganna i cittadini per identificare Keiichi come il sospettato ma si rende presto conto che Ooishi sospetta invece di lei. Tortura brutalmente Satoko per aver causato indirettamente la scomparsa di Satoshi, cosa che lei riconosce, mentre Mion la guarda inorridita e la supplica di fermarsi. Tuttavia Shion uccide Satoko, poi ricorda il giorno in cui Satoshi le chiese di tenere sua sorella al sicuro, così impazzisce del tutto. Il giorno dopo, Keiichi e Rena sospettano che Mion sia l'assassina di Rika e Satoko. Shion quindi attira Keiichi nei sotterranei e si prepara a torturarlo, ma il ragazzo la implora, credendo che Mion sia posseduta da Oyashiro, di risparmiare le due sorelle. Shion si rattristisce e lo colpisce con il taser, poi libera Mion, si scambiano i vestiti e la porta al pozzo per smaltire il suo corpo, affermando che il corpo di Satoshi si trovava laggiù. A questo punto Mion le dice che la loro nonna aveva approvato la sua relazione con Satoshi, ma Shion si rifiuta di crederle, quindi la colpisce la sua arma e Mion cade nel pozzo. Più tardi, quest'ultima e Keiichi vengono salvati dalla polizia. Dopo l'incidente, Shion inizia ad avere delle allucinazioni, fa visita a Keiichi e lo ferisce gravemente. Dopodiché ritorna frettolosamente al suo appartamento e scala il lato dell'edificio, ma cade di sotto e muore. Mentre Shion immagina di vedere il volto di Satoshi sulla luna, si scusa con lui per tutti i suoi peccati imperdonabili che ha causato con le sue stesse mani.

L'episodio inizia con Rena e Keiichi che vincono la gara di pistole ad acqua, così Mion, Satoko e Rika devono lavorare una giornata all'Angel Mort Cafe, come penitenza per aver perso la sfida. Arrivati al locale, Rena incontra Rina Mamiya, e così la ragazza ricorda del divorzio dei suoi genitori, avvenuto in quanto sua madre aveva programmato di sposare un altro uomo. Tornata a casa, Rena scopre che Rina ha aiutato suo padre a rifare completamente l'intero soggiorno, scartando diverse cose, tra cui Kenta-kun, la statua mascotte della catena di fast food KCF che lei e Keiichi hanno recuperato dalla discarica. Il giorno dopo in un bar, Rena sente per caso Rina e Teppei Houjou che conducono un losco accordo di prestito con due ragazzi e escogita un piano per rubare dei soldi a suo padre per salvarli per il loro matrimonio. Scopre da Shion e Kasai che i due vivono minacciando e ricattando le persone usando il trucco del tsutsumotase, ovvero un tipico modo della yakuza di estorcere denaro ad un uomo onesto in cerca di moglie.

Rena esamina il libretto degli assegni del padre di Rena e scopre che sta spendendo troppo. Dopo la scuola, Rena torna alla discarica e incolpa Rina di aver messo a punto un piano per estorcere denaro, così Rina tenta di soffocare Rena, ma quest'ultima la uccide tagliandole lo stomaco con una scheggia di vetro e picchiandola con un tubo di metallo. Quella notte, Rena scopre che Teppei picchia suo padre fuori casa, così la ragazza conduce anche il delinquente alla discarica, dove gli tende un'imboscata e lo uccide. Il giorno dopo, Rena fa a pezzi i loro corpi e li avvolge in piccoli sacchi, poi incontra i suoi amici e la convincono ad accettare sé stessa. Dopo aver scaricato i sacchi in una piccola grotta nel bosco, Rena se ne va mentre Mion dice al resto del gruppo di dimenticare l'incidente.

Dopo essere stata interrogata da Ooishi, Rena si reca in biblioteca e qui incontra Takano che le parla della verità di Oyashiro e della sua maledizione. Dopo un po' la donna consegna alla ragazza i suoi appunti e questa leggendoli scopre che la maledizione sembra provocare perdita del senso dell'orientamento e nostalgia di casa. Il giorno successivo, Rena si nasconde dietro un cespuglio e incontra per caso Keiichi, a cui spiega che vuole verificare la realtà dei fatti legati a Oyashiro e così gli racconta che il maleficio sembra essere un virus che porta le persone a commettere gli omicidi. La mattina dopo, mentre tutti sono a scuola, Rena decide di fuggire dall'edificio in quanto alcune persone sospette stanno iniziando a chiedere di lei alla sua insegnante.

Rena scopre che Mion ha spostato i sacchi con i cadaveri da dove erano nascosti, così perde la fiducia nei suoi amici e impazzisce. Keiichi dopo aver appreso da Mion che ha spostato i sacchi per assicurarsi che il servizio forestale non li possa trovare quando disboscheranno la zona, va alla discarica dove si nasconde Rena e cerca di impedirle di commettere altri crimini, ma lei rivela un segreto del suo passato che aveva scoperto da Ooishi. Quando Keiichi abitava ancora nella sua città natale, aveva usato una pistola ad aria compressa per ferire dei bambini e i suoi genitori riuscirono a coprire l'intera vicenda con il denaro. Dopo questo racconto, Rena se ne va, lasciando il ragazzo abbattuto. Il giorno dopo, Keiichi racconta ai suoi amici la verità sul suo passato ma questi lo perdonano perché sanno che adesso è una brava persona, tuttavia questo gli fa ricordare degli eventi del primo arco narrativo, in cui la paranoia gli fece uccidere Rena e Mion, credendo che fossero una minaccia. Keiichi scoppia in lacrime, Rika reagisce sconvolta e poi gli dice che nessuno ricorda gli omicidi tranne lei, poi lo perdona. Tutto ciò gli fa capire maggiormente cosa sta succedendo a Rena e vuole evitare che si verifichi una tragedia, poi si scusa con Mion, lasciandola molto stupita.

Rena appare improvvisamente a scuola, prende in ostaggio tutti gli studenti, minaccia di ucciderli spargendo galloni di benzina in tutta l'aula e usa un accendino per tenerli in riga. Keiichi, incaricato di consegnare i documenti di Takano a Ooishi, riceve in cambio un auricolare dal poliziotto. Con l'aiuto di Rika e Satoko, sfugge alla presa di Rena e scopre che ha escogitato un altro piano per usare una bomba fatta in casa piantata sul tetto della scuola nel caso in cui il primo tentativo fallisse, ma Keiichi arriva in tempo e la disinnesca. Mentre lui e Rena combattono sul tetto, lei riacquista la sua sanità mentale e non può sopportare di ucciderlo dopo che questi ha perso la battaglia contro di lei, così si riconcilia con i suoi amici. Sebbene la crisi sia stata scongiurata, Rika viene chiamata da Ooishi alla sua macchina e la informa della morte di Takano e Tomitake, così dice che giocherà durante l'infinito giugno.

Dopo aver perso una scommessa, Keiichi e i suoi amici vagano per la città. Visitano il villaggio abbandonato di Yagouchi e scoprono una strana cava infestata.

Mamoru Akasaka, Ooishi e l'assistente visitano il villaggio abbandonato nel 2007. Vengono a conoscenza del grande disastro di Hinamizawa che ha decimato la città e del collegamento con il Documento n. 34 di Takano. Rena, oramai adulta, è sopravvissuta al disastro in quanto è stata detenuta presso la stazione di polizia durante l'incidente. Quest'ultima condivide con loro quel poco che sa riguardo allo strano comportamento di Rika poco prima della presunta "fuga di gas". Alla fine Akasaka ricorda del suo incontro con Rika. L'episodio funge da epilogo diretto del capitolo dell'espiazione.

Nel 1983, i ragazzi partecipano a una partita di acchiappino. Sulla strada di casa, incontrano Irie, Tomitake e Takano, che raccontano a Keiichi di alcuni omicidi. Il ragazzo capisce il motivo per cui i suoi amici glielo hanno tenuto nascosto e ci rimane male. Tutto ciò non riesce comunque a rassicurare Rika, la quale diventa sempre più depressa man mano che si avvicina il giorno del festival. Alla fine Satoko dice a Rika la stessa frase pronunciata da Keiichi a Rena durante l'arco narrativo dell'espiazione ma non riesce a ricordarsi dell'evento in quanto appartenente ad un'altra linea temporale.

Satoko tenta di aiutare Rika che sembra preoccupata per qualcosa, ma quest'ultima nega prontamente e le dice che va tutto bene. Quella notte, Satoko scopre che Rika sta discutendo con una voce misteriosa e le dice che morirà, e che non c'è niente che nessuno dei due possa fare.

Durante il festival, Rika non avverte Tomitake della sua imminente morte. Successivamente Satoko è convinta che un uomo misterioso stia seguendo lei e l'amica Rika. Preoccupata per la sua sicurezza, Satoko piazza delle trappole intorno alla loro casa per scoprire la presenza di eventuali intrusi, e quando ne viene attivata una, le sue paure vengono confermate.

Dopo aver scoperto il corpo di Rika vicino al santuario, Satoko, traumatizzata, fugge e cade dal ponte vicino. Torna in città incespicando all'indomani del grande disastro di Hinamizawa. Satoko subisce così uno shock mentale, dopo aver assistito a numerosi morti. Ooishi cerca di interrogare la bambina catatonica, trasmettendo un messaggio criptico lasciato da Rena con il movente dietro i suoi sospetti. Satoko riprende conoscenza e trova un messaggio, ma finisce per morire dalla paura.

Rika inizia a vivere in un nuovo mondo con Hanyū, ovvero lo spirito con cui parlava di nascosto precedentemente. Si sta stancando di vedere i suoi amici commettere sempre delle azioni che li portano a seguire una strada sbagliata e crede che ci sia una potente volontà che vuole che ciò accada ogni singola volta. Successivamente Keiichi le dimostra che le persone possono cambiare il loro destino se lo desiderano durante un torneo di karuta, chiedendo di giocare a un gioco diverso da quello di carte giocato nel capitolo del cotone alla deriva. Dà la bambola a Mion invece che a Rena, evitando così di ferire i suoi sentimenti e aggirando potenzialmente la tragedia che si è verificata nel capitolo dell'apertura degli occhi. Rika crede che il mondo possa essere diverso e giura di combattere ancora una volta.

Influenzata dall'incoraggiamento di Keiichi e dal fatto che i suoi amici stanno iniziando a evitare di fare gli stessi errori ricordando scorci di ciò che avrebbero potuto fare, Rika decide di trovare un modo per prevenire il suo infausto destino. Notevoli cambiamenti in questo mondo che Rika nota includono come Rena abbia effettivamente confidato a Mion del rapporto tra suo padre e Rina piuttosto che sopportare il peso della sua situazione da sola, oppure come Ooishi vada d'accordo con gli altri e che la moglie e il figlio di Akasaka siano sopravvissuti dopo che Rika ha avvertito quest'ultimo.

Il piano di Rika è ostacolato dalla comparsa di Teppei, che sta abusando di Satoko. Keiichi e i suoi amici trovano un modo per liberare Satoko, ma il governo è riluttante a collaborare.

I cittadini protestano insieme agli altri per cercare di obbligare il governo ad agire sulla spinosa questione. Satoko non può uscire di casa mentre Teppei rimane nei paraggi e ciò porta il tutto in una situazione di stallo. Satoko torna a scuola e mostra le prove di ciò che le stava succedendo, prima di essere inviata alla clinica. Dopo la visita, Ooishi consiglia a Keiichi di non aggravare eccessivamente il problema, informandoli che la famiglia sta affrontando la situazione con il centro di consulenza per l'infanzia. Durante l'incontro, Rika si rende conto di avere delle responsabilità in merito alla situazione.

Keiichi e i suoi amici fanno visita a Oryō, la nonna di Mion e Shion. Successivamente Keiichi fa di tutto per fare un appello al governo e questo porta i cittadini di Okinomiya e Hinamizawa a protestare davanti al centro di consulenza per l'infanzia, chiedendo l'intervento del direttore generale. Il governo soccombe alla pressione dei presenti e fanno una telefonata alla residenza Houjou, Teppei risponde e dice che Satoko ha la febbre e di smetterlo di tormentarlo. Poco dopo, sale le scale e cerca di rubare il libretto bancario dalla stanza di Satoshi ma Satoko glielo impedisce e viene picchiata. Alla fine gli assistenti sociali decidono di fare la loro mossa e provare a liberare la bambina.

Satoko parla al telefono con Keiichi e Rika, rivelandogli gli abusi subiti in passato da parte dello zio. Teppei viene catturato e arrestato dalla polizia, mentre Satoko si riunisce con Rika. Sapendo che Tomitake e Takano moriranno la notte in tutti gli altri mondi in cui è stata, Rika chiede l'aiuto di Ooishi e dei suoi amici per proteggerli. Una volta arrivati sani e salvi alla clinica, viene rivelato che Takano è il capo della struttura e delle forze di sicurezza di Yamainu, che hanno simulato la sua morte e ucciso Tomitake allo scopo di far rivivere la maledizione. Mentre la polizia indaga sul caso, Takano riflette su come "tutto cadrà" presto.

Rika racconta ai suoi amici i dettagli della sindrome di Hinamizawa, ovvero una malattia i cui sintomi si manifestano quando si cerca di lasciare il villaggio. Rika rivela che la clinica era in realtà una struttura costruita per condurre ricerche sulla malattia, o più specificamente per raccogliere informazioni su come sfruttarla come arma biologica, sponsorizzata da vari legami burocratici collettivamente chiamati "Tokyo". Gli Yamainu si rivelano essere una forza di sicurezza incaricata di mantenere l'assoluta segretezza di tale operazione. Irie si rivela innocente e lavora presso l'istituto con l'intenzione di trovare una cura per la sindrome piuttosto che sviluppare un'arma biologica. Rika rivela che il suo lignaggio familiare è quello della "regina portatrice" che ha soppresso l'insorgenza dei sintomi della sindrome, e quindi è stata presa di mira dai militari. I suoi amici le credono senza esitazione e la polizia si apposta intorno alla residenza di Rika, sotto richiesta di quest'ultima, per fornirle maggiore protezione. Tuttavia le forze militari uccidono Ooishi e il suo assistente alla torre radio.

Keiichi, Rena, Mion e Shion lasciano la casa di Rika agli ufficiali per la notte. Mentre Satoko dorme, Rika parla con Hanyū del suo destino. Nel frattempo, i militari mettono fuori combattimento le guardie e si infiltrano nella residenza, ma Rika e Satoko riescono a fuggire. Ad un certo punto vengono messe all'angolo dagli scagnozzi appostati nella foresta, ma Mion, Shion, Rena e Keiichi vengono a salvarle dopo aver saputo che sono in pericolo. I sei ragazzi però non riescono a raggiungere le rispettive famiglie in quanto Takano li ferma e uccide quasi tutti, tranne Rika, che viene portata al santuario, dove viene assassinata. Gli spiriti dei membri del gruppo insieme ad Hanyū, si incontrano e concordano sul fatto che anche Hanyū deve avere la volontà di spezzare questo infinito ciclo della morte. Nel frattempo, gli abitanti del villaggio muoiono soccombendo al gas, mentre un'estatica Takano proclama di essere divenuta Oyashiro.

In una serie di flashback, i genitori di Takano sono rimasti uccisi in un incidente d'autobus e tutti i suoi parenti sono morti in guerra. Il dottor Hifumi (nonno adottivo di Takano) e le sue ricerche hanno suscitato il suo interesse per i parassiti biologici quando era giovane. Successivamente, Takano viene portata in un orfanotrofio dove lei e i suoi coetanei subiscono abusi verbali e fisici. Stanca di subire maltrattamenti, lei e altre tre bambine fuggono nel corso di una notte e riescono a mettersi in salvo. Anni dopo, Takano continua al ricerca del nonno adottivo, lavorando presso l'istituto come vice di Irie, poi incontra Tomitake. In un ulteriore flashback, Takano chiede a Dio del perché stia soffrendo così tanto in vita sua senza che abbia fatto nulla di male, poi la giovane donna torna con la mente nel presente e si risveglia da questo sogno. Takano scende dal camion e guarda il villaggio proclamando che le sue azioni porteranno avanti il volere di suo nonno.

La storia torna nuovamente ad ambientarsi nel passato di Takano, e qui quest'ultima riesce a contattare Hifumi in una cabina telefonica, mentre scappa dall'orfanotrofio e implora aiuto prima che la chiamata finisca. Takano fu catturata e tornò così all'orfanotrofio, ma fu presto adottata da Hifumi. Takano diventò così la sua assistente con lo scopo di far delle ricerche sulla sindrome in preparazione di una presentazione tra coetanei della medesima disciplina, tra cui spicca un certo Koizumi. La ricerca di Hifumi viene rifiutata e persino derisa dagli intellettuali durante l'esposizione, alimentando la determinazione della giovane Takano a continuarla e fare di suo nonno un "dio". Takano in seguito si è laureata con il massimo dei voti e si è unita a una società intellettuale che poteva sostenere finanziariamente la sua ricerca. Pochi anni dopo, Takano visita il santuario e affronta Hanyū, che è determinata a sfidare il destino del villaggio contro il proprio obiettivo.

Vengono mostrati gli eventi dell'incidente della diga, incluso quando la famiglia Houjou si è opposta alla famiglia Sonozaki e ai residenti del villaggio. Viene rivelato che il direttore della costruzione della diga è stato ucciso dai dipendenti quando questi li ha visti bere dopo il lavoro ed è scoppiata una rissa furibonda. Nel frattempo, Takano e Irie conducono delle ricerche sulla sindrome presso l'istituto, ma hanno bisogno di un esemplare vivo per dimostrare il legame tra un parassita e l'insorgenza della sindrome. Alla fine gli operai furono colti dalla psicosi e i due medici deciso di esaminare uno degli operai deceduti, il quale non era altri che il responsabile della morte del capo cantiere. In un altro flashback, Satoshi discute con Irie sul fatto che preferisca che Satoko rimanga alla clinica il più a lungo possibile piuttosto che trascorra il suo tempo con la zia, riuscendo così a togliere una preoccupazione. Durante questi eventi, Hanyū si sente impotente e si scusa, ma anni dopo lei e Rika attendono con impazienza l'arrivo dell'unica persona chiave per porre fine a questa serie di eventi.

Per salvare Satoko dall'infezione, Rika si offre come cavia per la ricerca di Irie e Takano, dal momento che lo status di Rika come "regina portatrice" e la sua soppressione della sindrome consente di creare dei farmaci grazie al suo sangue. Takano prepara un piano per coprire la morte per una fuga di gas dei residenti di Hinamizawa come un disastro naturale. Ooishi dice a Irie che Satoko ha inavvertitamente ucciso i suoi genitori spingendoli giù dalla scogliera vicino alla diga. Mentre Rika si trova alla clinica, i suoi genitori si oppongono agli esperimenti praticati sulla figlia, ma Takano li fa uccidere entrambi e sfrutta la maledizione di Oyashiro per coprire l'intera vicenda. A seguito di queste azioni, la clinica rischia la chiusura poiché i trattamenti di cura sono stati sviluppati da Irie per combattere la sindrome e un gruppo di intellettuali non ritiene più opportuno proseguire con gli esperimenti, ma Takano si oppone e vuole portare avanti la ricerca per il bene del suo nonno defunto. Alla fine Takano incontra Nomura che afferma di poterla aiutare a raggiungere il suo obiettivo.

Ichiro visita un appezzamento di terreno libero in preparazione di trasferire la sua famiglia nel villaggio e incontra Rika e Hanyū, poi si scopre che la madre di Rena ha abbandonato la sua famiglia. Dopo aver acquistato un orsacchiotto, Satoshi soccombe alla sindrome di Hinamizawa e viene mandato in clinica dopo aver ucciso sua zia. Keiichi arriva come nuovo studente a scuola, mentre Rika e Hanyū guardano l'insieme delle vicende, sostenendo che tutti i pezzi si sono uniti per l'imminente lotta contro il destino.

Hanyū viene presentata agli altri come una studentessa appena trasferita. Ricorda dell'incontro con Takano e scopre che le sue forze militari sono i colpevoli dell'attacco nel loro paese. Hanyū lo riferisce a Rika, che sembra aver perso i suoi ricordi dal capitolo del massacro. Hanyū rivela anche il suo passato come ex dio della terra locale. Intanto Akasaka torna al villaggio per indagare sulla chiaroveggenza di Rika e il suo legame con la maledizione, e recluta Ooishi. Irie mostra a Rika il "Manuale d'emergenza n. 34", in cui si afferma che la morte improvvisa della "regina portatrice" porterà ad una fuga di gas che ucciderà i cittadini prima che possano soccombere ai sintomi della malattia vera e propria. Rika cerca di comprendere il motivo per cui Takano avrebbe tentato di ucciderla e si fa aiutare dai suoi amici, paragonando la sua situazione alla trama di un manga che sta scrivendo. Mion suggerisce che le fazioni opposte di una società segreta potrebbero contendersi il potere. Nel frattempo, Takano diventa il capo di una nuova struttura di ricerca e rivela il suo piano per sconfiggere la fazione di Koizumi.

Rika, Ooishi e Akasaka vedono Takano come colpevole di ciò che accaduto ad Irie e Tomitake, e alla fine Rika chiede l'aiuto di Tomitake per raccogliere prove incriminanti nell'ombra. Rika dice a Ooishi che la famiglia Sonozaki non è coinvolta negli omicidi in questione e in seguito svela ai suoi amici la verità sulle uccisioni, e riescono a tirarsi su il morale a vicenda per affrontare insieme la forza di volontà di Takano. Rika riflette sul fatto che le sue esperienze nei mondi passati sono state utili dopotutto, poiché sembra che i suoi amici abbiano intrinsecamente imparato dai loro errori. Keiichi e Satoko escogitano un piano per salvare Rika nel tentativo di sfatare la validità del "Manuale di emergenza n. 34". Nel frattempo, Irie è ancora scettico sulle intenzioni di Takano, ma i suoi sospetti vengono confermati quando fa visita ad Akasaka, che si trova nella casa di Rika per sembrare che quest'ultima e Satoko siano nella residenza. Poi Rika e i suoi amici cercano di chiedere l'aiuto di Ooishi per fare un annuncio alla polizia, ma all'inizio l'ispettore è titubante. Tomitake viene a sapere del legame di Takano con Koizumi e degli accordi economici con l'esercito. Irie e Ooishi rimangono sorpresi di scoprire che molti anziani del villaggio hanno messo da parte i rispettivi conflitti che avevano in passato e ora predicano la pace con la famiglia Houjou. Alla fine Ooishi chiede l'aiuto dei suoi amici per occuparsi di Rika.

Ignara del tradimento di Tomitake e Irie, Takano manda avanti il suo piano. Ooishi conferma a Rika e ai suoi amici che il distretto locale è d'accordo per inscenare la morte di Rika, che sarà annunciata all'alba, come parte dell'"Operazione 48 ore". Il giorno successivo, le forze militari di Takano vengono inviate a verificare sulla validità del rapporto che hanno ricevuto. Nel frattempo, Ooishi e i suoi soci hanno a che fare con una spia dell'organizzazione, Otaka, che ha intenzione di venire a indagare sul futuro di Rika. Okonogi si rende conto che sono sotto attacco e così il gruppo tenta di arrestare Tomitake, che riescono a rintracciare come la fonte delle chiamate con l'ufficio investigativo, per impedirgli una fuga di notizie. Otaka arriva al distretto e afferma di avere il sostegno del consigliere, ma quest'ultimo si trova sul posto e respinge tale affermazione. Nel frattempo, Takano viene a conoscenza di ciò che è successo a Rika e diventa sospettosa di Irie, nel mentre il gruppo cattura Tomitake.

Quando Tomitake viene mandato alla clinica, Irie fugge dall'edificio. Mentre quest'ultimo si riunisce con Shion e Kasai, guidano inavvertitamente tutti gli altri al nascondiglio di Rika, usando un trasmettitore. Mentre il gruppo arriva alla tenuta e si nasconde nel tunnel, Shion e Kasai fingono di essere privi di sensi. Quando i militari minacciano di buttare di sotto Shion, Rika decide di arrendersi in cambio della sicurezza dei suoi compagni. Prima che Okonogi rompa l'accordo, Akasaka salva Rika, impersonando un soldato e allontanando gli altri. Mentre Keiichi e i suoi amici pianificano il prossimo contrattacco, Irie dice a Shion che Satoshi è vivo e si trova in una stanza segreta della clinica.

Takano interroga Tomitake, ma viene informata di Rika e prende il comando del gruppo per catturare gli altri. Quando i soldati arrivano sulle montagne, Satoko prepara varie trappole per rallentarli. Mentre Kasai e Akasaka si infiltrano nella clinica sotterranea, Shion e Irie trovano Satoshi nella cella sperimentale. Nonostante le sue condizioni di salute, il dottore giura di continuare le sue ricerche per salvare Satoshi, poi convince Shion a tenere segreto ciò che le aveva detto. Intanto i soldati vanno in uno stato di disordine quando sentono una voce divina alla radio che apparentemente sta torturando i colleghi, quando poi in realtà sarà tutta una sceneggiata impersonata rispettivamente da Hanyū e Keiichi. Takano tenta di radunare i suoi uomini, mentre Akasaka tenta di raggiungere il luogo cercando di sfondare un camion appostato dai soldati che blocca la strada.

Akasaka e Tomitake sfondano il blocco e arrivano in città, dove inviano l'unità da combattimento Banken e convincono i soldati di Yamainu ad arrendersi. Dopo aver appreso che Nomura l'ha usata come capro espiatorio, Takano decide di arrendersi e viene mandata alla clinica per curarsi, così Keiichi e i suoi amici partecipano allegramente al festival. Dopo i titoli di coda, Frederica Bernkastel (la rappresentazione della coscienza di tutte le incarnazioni di Rika) cambia il futuro salvando i genitori di Takano.

Dopo aver dimenticato di mettere in valigia il costume da bagno e prima di entrare nel parco acquatico, Keiichi indossa un costume che presenta la magica capacità di attrarre le donne a chi ci scrive il proprio nome sopra. Mion sente da suo zio che Keiichi ha scritto il suo nome sul capo e finirà per innamorarsi di sé stesso. Dopo la maggior parte dei tentativi falliti, le ragazze convincono Tomitake, Ooishi e Irie a togliere il costume a Keiichi. Mentre i tre combattono per accaparrarsi la veste magica, Keiichi completamente nudo si rifiuta di indossare quello di scorta a forma di cigno.

Con il villaggio tornato alla normalità, Rika può finalmente godersi una nuova vita. Un giorno però si trova a fare un giro con i suoi amici in bicicletta e viene apparentemente uccisa da un camion in arrivo. Al suo risveglio si ritrova in una linea temporale alternativa, dove sono completamente assenti Keiichi, Takano, Irie e Hanyū mentre gli altri suoi amici non ricordano gli eventi accaduti nel mondo precedente. Il progetto della diga che minaccia di inondare la città è ancora in corso e nessuna delle tragedie a cui ha assistito innumerevoli volte si è verificata, il che significa che Satoshi e i suoi genitori sono ancora vivi. Per la prima volta nella sua storia, Rika non può tornare alla sua linea temporale.

Rika entra in contatto con Hanyū, che le dice che per tornare nella precedente realtà, deve disporre di un frammento del mondo che impedisce ad Hanyū di entrare in quello nuovo ed a Rika di reincarnarsi. Il giorno dopo a scuola, Satoko rimprovera Rika per averla guardata, facendole capire ancora di più quanto i suoi rapporti siano diversi in questa realtà, poi si reca al santuario Furude e riesce a parlare nuovamente con Hanyū grazie ad una piccola perla magica e queste le dice che il frammento che sta cercando potrebbe essere non per forza un oggetto ma anche una persona e in tal caso dovrebbe ucciderla. Successivamente sperimenta com'è vivere con la propria madre e inizia a costruire una nuova amicizia con Mion, Rena, Satoshi e Satoko. A questo punto Rika crede che sia tutta una questione di decidere in quale mondo vorrebbe stare, fino a quando sua madre non si rivela come la precedente reincarnazione di Oyashiro.

Rika è combattuta tra il rimanere in un mondo senza peccato e dove tutti vivono contenti, o uccidere sua madre e tornare in quello vecchio. Tuttavia scopre che non ha molto tempo per agire e così decide di combattere per ciò per cui vuole vivere. Successivamente, si sveglia dal coma nel suo mondo e conversa brevemente con Hanyū se ciò che aveva vissuto fino a quel momento fosse stato un sogno o meno, così come il fatto di aver ucciso la propria madre per riprendere conoscenza, poi i suoi amici vengono a trovarla. Successivamente si scopre che il sogno era stato creato a sua insaputa da Hanyū per insegnarle che le persone hanno bisogno di superare le difficoltà personali per rendere la vita degna di essere vissuta.

Rena e Keiichi fanno un picnic nella discarica e la ragazza ingoia involontariamente le "perline d Fuwarazu", quando queste cadono dal cielo e inizia a comportarsi da innamorata. Rika spiega che il sigillo sui magatama è stato rotto, e chi possiede quello rosso si innamorerà ciecamente di chiunque tenga la controparte bianca. Tutti pensano che Rena abbia ingoiato il magatama rosso e si propone di fermarla e trovare quello bianco. L'oggetto però in mano di Tomitake, Takano e Ooishi, ognuno dei quali gradualmente arriva ad accettare il suo amore sotto la maledizione. Mentre Keiichi e Akasaka sconfiggono Rena e Ooishi a mahjong, Ooishi armeggia con il magatama e Keiichi lo ingoia per sbaglio. Rika lo libera dalla maledizione, prima che Keiichi possa cadere sotto il suo potere e Rena torna alla normalità. Quest'ultima è grata per essere stata salvata e svela i suoi sentimenti a Keiichi, anche se non è sicura se ciò sia dovuto al magatama. Alla fine Tomitake e Takano si infatuano di Rena.

L'episodio funge da parodia della prima stagione. Keiichi si ritrova in un'aula della scuola dopo aver perso per l'ennesima volta ad un gioco con le ragazze e come penitenza deve rimanere vestito da poliziotto, ma arrivano Tomitake, Irie e Ooishi che tentano di renderlo un vincente. I quattro iniziano ad immaginarsi varie penitenze particolari verso buona parte dei personaggi femminili e finiscono per fare discorsi perversi. Tuttavia le fantasie piuttosto sviluppate finiscono per rendere Keiichi una vittima di una serie di eventi ai limiti della logica. Alla fine il ragazzo si risveglia su un banco di scuola a tarda sera e scopre che era tutto frutto di un incubo, ma appaiono dinanzi a lui Tomitake, Irie e Ooishi, i quali si propongono di aiutarlo a superare le difficoltà, così Keiichi si lascia andare ad un grido disperato per il ripetersi degli eventi.

In un mondo parallelo, Rika e Satoko diventano ragazze magiche. Dopo una serie di eventi, sconfiggono i quattro generali di Tokyo Magika (Teppei, Takano, Okonogi e Nomura) e spezzano la maledizione.

Si forma un rettangolo d'amore tra Keiichi e le ragazze, le quali provano in più modi a competere per conquistare il suo cuore, ma nessuna di loro sembra prevalere. Alla fine la contesa è fra Mion, Shion e Rena e qui il ragazzo viene bendato e fatto girare in tondo da Rika e Satoko; dopo alcuni giri, il ragazzo si toglie la benda e sceglie inavvertitamente Oryō ed è costretto ad avere un appuntamento con lei. Alla fine Mion chiede a Keiichi se gli piacciono le ragazze forti e questi afferma che non ha importanza come si atteggi una ragazza e che sarà sempre carina quando arrossirà in viso, così Mion gli lancia in bocca il pranzo che aveva preparato e gli fa la linguaccia, sfidandolo a raggiungerla.

Una piccola Rika e Hanyū giocano a nascondino, facendo cadere l'altra Rika in un paradosso temporale e rimanendo intrappolata nel futuro. La Hanyū del presente trova la Rika del passato e ricorda del tempo trascorso giocando insieme a lei, poi si offre di aiutarla a tornare nella sua linea temporale. Porta così la bambina dai suoi amici, i quali si offrono di aiutarla e avviano una spedizione in una foresta. Keiichi e i suoi amici si recano nella periferia di Hinamizawa e trovano un modo per rimandarla indietro nel tempo, ma Hanyū è inizialmente riluttante all'idea, ripensando a quanta sofferenza abbia dovuto sopportare Rika. La piccola Rika però dice ad Hanyū che vuole tornare indietro e lo fa senza indugio. Dopo aver rimandato la sé stessa più giovane nel passato, Rika e Hanyū tornano alla vita di tutti i giorni mentre tutti gli altri dimenticano ciò che è accaduto, credendo sia stato semplicemente un sogno.

Un virus sconosciuto si è diffuso ovunque e i funzionari impongono la quarantena ad Hinamizawa. Quando le forze di sicurezza isolano tutto il villaggio dal resto del mondo, la situazione diventa anormale e la gente del posto si dà la colpa a vicenda. Irie si uccide dopo un tentativo fallito di trovare una cura contro il virus. Alla fine Keiichi e i suoi amici scappano dal villaggio, mentre Rika decide di restare perché vuole vegliare sul paese.