Il Burton Albion F.C. venne fondato nel 1950, anno in cui aderì alla Birmingham & District League. Il club fu soprannominato The Brewers ("i birrai"), poiché la birra rappresenta una delle principali industrie dell'area. Nel 1958 il Burton apre ufficialmente il primo vero e proprio stadio della sua storia, Eton Park, nel quale il club giocherà fino al 2005.
Il Burton militò in diversi campionati calcistici tra cui spicca la Northern Premier League, vinta nel 2002. Nel 2005 viene smantellato Eton Park per fare spazio al nuovo stadio costato circa 7,2 milioni di sterline. Tale stadio fu costruito di fronte al defunto Eton Park e prese il nome di Pirelli Stadium, in quanto non molto distante dalle industrie Pirelli di Burton.
I Brewers, nella stagione 2008-09, si classificano primi nella Football Conference, risultato che permette loro di competere nella Football League Two dalla stagione successiva. Dalla stagione 2009-10 il Burton Albion è allenato dal canadese Paul Peschisolido. L'8 gennaio del 2011, per la prima volta nella sua storia, il Burton raggiunge il quarto turno di FA Cup, grazie a una vittoria per 2-1 in rimonta sul Middlesbrough. I due gol sono stati entrambi realizzati dall'attaccante Shaun Harrad.
Nel 2015 i Brewers ottengono la loro prima storica promozione in League One, vincendo il campionato. L'anno successivo, grazie al secondo posto, vengono nuovamente promossi di categoria, questa volta in Championship. Nella prima stagione della seconda divisione ottengono un'insperata salvezza solo all'ultima giornata, chiudendo al 20º posto in graduatoria, ma l'anno seguente l'ultima piazza in classifica li condanna alla retrocessione in Football League One.