Nel 2017 la Corte dei conti, allertata da un articolo pubblicato dall'edizione romana del quotidiano la Repubblica^[1], ha avviato un procedimento istruttorio contro l'amministratore unico di AMA Antonella Giglio per la parziale applicazione del contratto collettivo nazionale di lavoro (CCNL). In particolare veniva contestato che Giglio avesse posticipato di due mesi l'entrata in vigore dell'orario composto da 38 ore settimanali, in luogo delle 36 ore sino ad allora previste, riconoscendo peraltro come lavoro straordinario quello prestato dalla 36ª alla 38ª ora nello stesso periodo. Tale scelta sarebbe stata operata senza consultare né gli altri dirigenti e organi di controllo dell'azienda né l'azionista di riferimento. Secondo i magistrati contabili il danno erariale sarebbe stato pari a 500000 euro.^[2]

Diversi incendi di natura dolosa hanno colpito le postazioni di cassonetti e campane stradali gestite da AMA, distruggendone circa 460 nel 2019, circa 330 nel corso del 2020 e circa una settantina nel corso delle celebrazioni per il capodanno 2021.^[3]

Nel giugno 2015 un incendio è divampato all'interno del Polo impiantistico Salario, coinvolgendo un'area di circa 1800 m² ma senza causare gravi danni.^[4] Lo stesso impianto è stato coinvolto in un secondo incendio nel 2018, che ne ha provocato la successiva dismissione. Secondo le perizie portate avanti dalla procura non si sarebbe trattato di un incidente, sebbene le rilevazioni successive condotte dai vigili del fuoco non abbiano riscontrato la presenza di inneschi, pur segnalando le gravi carenze nella manutenzione dell'impianto.^[5]

Nel corso del 2020 l'azienda è finita al centro di un'inchiesta secondo cui avrebbe trattenuto indebitamente circa 250 milioni di euro della tassa sui rifiuti (Ta.Ri.) riscossa per conto di Roma Capitale ma mai versata all'ente comunale. In particolare i dirigenti della società avrebbero incluso nel bilancio d'esercizio del 2015 i 140,5 milioni di euro della Ta.Ri. e lo stesso meccanismo sarebbe stato replicato nel bilancio 2016; tali cifre sarebbero poi state utilizzate nel 2019 da AMA per pagare i propri creditori. Secondo i pubblici ministeri titolari dell'indagine nei bilanci della municipalizzata dal 2013 al 2016 emerge un "quadro aziendale caratterizzato da una totale confusione tra il patrimonio proprio e il patrimonio di pertinenza di Roma Capitale". Tale inchiesta è partita da una segnalazione effettuata dalla Banca centrale europea impegnata in un'ispezione sulla Banca Popolare di Sondrio, parte del gruppo di banche che concesse ad AMA nel 2008 un mutuo di 600 milioni di euro ripagato a partire dal 2011, sempre secondo l'inchiesta, trattenendo l'importo prima della TARES e poi della Ta.Ri..^[6]

Il 16 marzo 2014 l'AMA Servizi Ambientali S.r.l., dopo non esser stata ammessa alla procedura di concordato preventivo nel 2013, dichiarò il fallimento con perdite nel bilancio di circa 20 milioni di euro.^[7][8]

Nel corso del 2012 l'amministratore delegato di AMA Franco Panzironi è risultato indagato, insieme ad altri tre imprenditori, per turbativa d'asta nell'ambito di un appalto per la fornitura di divise e dispositivi di protezione per il personale della società aggiudicato nel 2010 ad un associazione temporanea di imprese. Secondo la procura Panzironi avrebbe volutamente predisposto la pubblicazione del suddetto bando con tempi molto ristretti al fine di favorire indebitamente l'ATI aggiudicataria.^[9]

Nel 2019 la società è risultata indagata per presunto illecito amministrativo dalla Procura della Repubblica presso il Tribunale di Roma per la rappresentazione nei bilanci d'esercizio 2015 e 2016 degli incassi della tassa sui rifiuti riscossi da AMA per conto di Roma Capitale e per l'esposizione, negli stessi bilanci, del corretto valore delle quote di adesione al Fondo Immobiliare Sviluppo per la valorizzazione del compendio immobiliare del Centro carni di Roma.

Sempre nello stesso anno due dirigenti sono stati indagati per "stoccaggio non autorizzato di rifiuti, all'interno e in prossimità dei cassonetti stradali, conseguenti all'inadeguata attività di raccolta e avvio a  recupero/smaltimento" e l'azienda ha pagato un'ammenda corrispondente a 6500 euro.^[10]

A seguito di indagini svolte tra ottobre 2019 e dicembre 2020 i militari del Comando carabinieri per la tutela ambientale hanno emesso tre misure cautelari interdittive nei confronti di due dirigenti della società Roma Multiservizi, controllata da AMA, e di un dirigente AMA. Questi ultimi avrebbero fatto pressioni sui netturbini incaricati della raccolta porta a porta per le utenze non domestiche invitandoli a raccogliere i rifiuti per poi scaricarli nuovamente in strada segnalando comunque l'avvenuta raccolta.^[11]

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