Dopo aver distrutto parte della Luna e aver minacciato di distruggere la Terra, uno strano essere giallo dotato di tentacoli decide di diventare insegnante nella classe 3-E della scuola media Kunugigaoka. Il governo giapponese, completamente impotente, accetta la proposta del mostro a patto che gli studenti restino incolumi. Agli alunni è concesso invece di tentare di uccidere il loro insegnante con ogni mezzo a disposizione. I ragazzi sono aiutati anche da un dipendente del ministero della difesa: il professor Karasuma. Tre studenti obbligano Nagisa Shiota ad indossare una granata e ad attaccare l'obiettivo. L'attacco suicida non riesce perché il professore effettua una muta e con la sua pelle protegge il ragazzo. Al termine della giornata, una studentessa propone "Korosensei" come nome per l'insegnante.

Karma Akabane rientra dal periodo di sospensione e, nonostante i suoi voti brillanti, viene spostato nella sezione E a causa del suo caratteraccio. Egli inizia fin da subito a cercare di uccidere Korosensei e riesce a ferirlo a un tentacolo. Successivamente si butta giù da una rupe in modo che se Korosensei fosse andato a salvarlo gli avrebbe sparato e se invece lo avesse lasciato morire sarebbe morto come insegnante. Korosensei riesce comunque a salvarlo usando i suoi tentacoli per costruire una rete su cui Karma cade.

Nella sezione E arriva una nuova insegnante di inglese: Irina Jelavic. La donna è un'assassina esperta che sfrutta l'arma della seduzione per colpire le sue vittime.

Terminati gli esami di metà anno, i ragazzi della sezione E si recano in gita a Kyoto.

Arriva un nuovo insegnante di educazione fisica per la sezione E: Akira Takaoka. L'uomo inizialmente si dimostra amichevole, ma ben presto i ragazzi scoprono di avere a che fare con una persona particolarmente violenta. Il nuovo professore vuole dimostrare che le sue tecniche sono più efficaci di quelle di Karasuma. Quando gli insegnanti intervengono per placare le azioni di violenza, Takaoka propone una scommessa: se uno studente armato di coltello riuscirà a colpirlo, lui ammetterà la sua sconfitta e la superiorità delle tecniche di insegnamento di Karasuma. Quest'ultimo chiede a Nagisa di lottare contro Takaoka e il ragazzo, dimostrando un'inaspettata propensione per l'assassinio, riesce a vincere.

Korosensei si dimostra particolarmente attento alle esigenze e alla sicurezza della sua classe. I ragazzi si relazionano in modo amichevole con l'insegnante, ma questo sembra irritare particolarmente Terasaka che reputa incredibile il fatto che i compagni siano felici di avere un mostro come docente. Si scopre poi che Terasaka ha fatto un patto con il tutore di Itona per effettuare dei test che non insospettiscano Korosensei. Il giorno successivo Itona entra in azione mettendo in pericolo l'incolumità dei ragazzi e forzando l'intervento di Korosensei. Akabane interviene e, coordinando i compagni, riesce ad infliggere ad Itona gli stessi danni provocati a Korosensei.

Korosensei promette di recidere un suo tentacolo in proporzione a quanti studenti riusciranno a raggiungere un determinato obiettivo durante gli esami di fine semestre. La perdita degli arti può causare una riduzione di velocità in Korosensei.